ACOSE (Automatické vyhodnocování srovnávacích vzorků)

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00007064%3AK01__%2F16%3A%230000118" target="_blank" >RIV/00007064:K01__/16:#0000118 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://apsku11.kup.pcr.cz/portal/page/portal/KUP_GROUP/HOMEPAGE" target="_blank" >http://apsku11.kup.pcr.cz/portal/page/portal/KUP_GROUP/HOMEPAGE</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

ACOSE (Automatické vyhodnocování srovnávacích vzorků)

Popis výsledku v původním jazyce

Software ACOSE slouží k automatickému vyhodnocování profilů DNA stanovených ze srovnávacích vzorků vyexportovaných z programů GeneMapper (ve formátu .txt nebo .csv). Drtivá většina vzorků totiž obsahuje řadu artefaktů, které GeneMapper falešně označí jako alely. Tyto artefakty je třeba před exportem do databáze CODIS ručně odstranit. Tento program automatizuje toto ruční mazání nesprávně označených artefaktů. Alely k vymazání jsou vybírány podle předem nastavených parametrů. Tyto parametry je možné měnit a různá nastavení parametrů pak ukládat jako rozdílné metody. Výsledek analýzy programem ACOSE je potom připraven k importu do databáze CODIS ve formátu xml. Dále je vyhotovena tabulka ve formátu programu Excel obsahující všechny vyexportované profily a seznam profilů, které z důvodů nesplnění parametrů exportovány nebyly. Tyto vzorky je potřeba zkontrolovat v programu GeneMapper a v případě, že lze vzorek ručně opravit, znova vyexportovat.

Název v anglickém jazyce

AUTOMATIC COMPARATIVE SAMPLES EVALUATION

Popis výsledku anglicky

The ACOSE is used to automatically evaluate DNA profiles determined from the reference samples that were exported from the GeneMapper expert sw. (in formats as .txt or .csv). Different kinds of artefacts are common in most of the samples tested, and therefore those are falsely marked as alleles by GeneMapper. Those artefacts need to be manually deleted before expert to CODIS database. The ACOSE program is using special algorithm that is designed to automatically delete those falsely marked alleles according to parameters that were set by the analyst. The final result is suitable for the CODIS database import in .xml format and includes table with all DNA profiles exported to CODIS database in excel format.

Druh

R - Software

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/VG20122015071" target="_blank" >VG20122015071: Vývoj, aplikace a automatizace nejnovějších technologií a postupů genetické analýzy s cílem natypování a identifikace pachatelů a obětí teroristických útoků, trestných činů a přírodních katastrof.</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

software ACOSE

Technické parametry

Program funguje v prostředí JAVA a spouští se pomocí dávkového příkazu "acose" a ve složce, ze které je spuštěn, očekává několik konfiguračních souborů: - konfiguraci exportu: exporter_config.properties - konfiguraci uživatelů: users.properties - konfigurace jednotlivých metod se jmény ve tvaru method_METODA.ini, např. method_test.ini Více informací je v dodaných souborech. Vyhodnocování probíhá pro každý náběr zvlášť, pakliže neprojde ani jeden náběr, tak je celý vzorek vyřazen. U každého markeru se vyhodnocuje: 1. náběr je vyřazen, nemá-li marker žádné alely 2. náběr je vyřazen, neobsahuje-li pouze povolené sestavy alel dle "permittedAlleles" 3. všechny alely až na dvě nejvyšší jsou zahozeny 4. zahodí se nižší alela dle "peakHeightFilterExpression" z vybrané metody 5. náběr je vyřazen, je-li jakákoliv ze zbylých alel OL 6. zbyde-li pouze jedna alela, tak je náběr vyřazen, pakliže neprojde "lowSingleAlleleExpression" z vybrané metody. jan.schnitzer@pcr.cz; Software bude využíván v rámci KÚP a OKTE.

Ekonomické parametry

Zefektivnění celého laboratorního procesu, který umožnil navýšení počtu zpracovaných vzorků.

IČO vlastníka výsledku

00007064

Název vlastníka

Policie ČR, Kriminalistický ústav Praha