Získávání molekulárních dat v průběhu terénních výzkumů - vlastní zkušenosti a doporučení

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00023272%3A_____%2F25%3A10136964" target="_blank" >RIV/00023272:_____/25:10136964 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Získávání molekulárních dat v průběhu terénních výzkumů - vlastní zkušenosti a doporučení

Popis výsledku v původním jazyce

Příspěvek shrnuje naše zkušenosti z let 2019 až 2024 při získávání molekulárních dat z čerstvých sběrů hub v nelaboratorních podmínkách. V rámci pravidelného týdenního vysokoškolského mykologického kurzu jsme vyzkoušeli různé metodické postupy a postupně optimalizovali protokol vedoucí od extrakce DNA až po sekvenci vybraného molekulárního markeru. Při srovnání různých metod extrakce DNA se jako nejvhodnější ukázaly Genomic Mini AX Yeast Spin a Dipstick DNA Extraction Kit. V kombinaci s mobilním zařízením Bento Lab zahrnujícím v sobě několik laboratorních přístrojů nutných k amplifikaci DNA jsme získali sekvence ITS markeru k téměř 60 % analyzovaných vzorků čerstvých sběrů z terénu. Na závěr shrnujeme a diskutujeme význam a limity získávání molekulárních dat v terénu.

Název v anglickém jazyce

Acquiring molecular data during field research - personal experience and recommendations

Popis výsledku anglicky

The paper summarizes our experience in obtaining DNA sequences from fresh fungal collections in non-laboratory conditions during 2019-2024. As part of the regular one-week university mycology courses, we tested different methods and optimised the protocol leading from DNA extraction to the sequence of the selected molecular marker. When comparing different DNA extraction methods, the Genomic Mini AX Yeast Spin kit and Dipstick DNA Extraction Kit proved to be the most suitable option. We obtained the ITS marker sequences for almost 60% of fresh field collections when coupled with the Bento Lab mobile device which included several laboratory instruments necessary for DNA amplification. In conclusion, we summarize and discuss the importance and limits of molecular data acquisition in the field.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

10612 - Mycology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2025

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Mykologické listy

ISSN

1213-5887

e-ISSN

—

Svazek periodika

Neuveden

Číslo periodika v rámci svazku

159

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

13

Strana od-do

47-59

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—