Knowledge-based subtractive integration of mRNA and miRNA expression profiles to differentiate myelodysplastic syndrome
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00023736%3A_____%2F14%3A00011257" target="_blank" >RIV/00023736:_____/14:00011257 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68407700:21230/14:00214309
Výsledek na webu
<a href="http://www.bioinformatics.biostec.org/Abstracts/2014/BIOINFORMATICS_2014_Abstracts.htm#Area0FullPapers" target="_blank" >http://www.bioinformatics.biostec.org/Abstracts/2014/BIOINFORMATICS_2014_Abstracts.htm#Area0FullPapers</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Knowledge-based subtractive integration of mRNA and miRNA expression profiles to differentiate myelodysplastic syndrome
Popis výsledku v původním jazyce
The goal of our work is to integrate conventional mRNA expression profiles with miRNA expressions using the knowledge of their validated or predicted interactions in order to improve class prediction in genetically conditioned diseases. The raw mRNA andmiRNA expression features get enriched or replaced by new aggregated features that model the mRNA-miRNA regulation. The proposed subtractive integration method is directly motivated by the inhibition/degradation models of gene expression regulation. Themethod aggregates mRNA and miRNA expressions by subtracting a proportion of miRNA expression values from their respective target mRNAs. The method is used to model the outcome or progress of myelodysplastic syndrome, a blood production disease often progressing to leukemia. The reached results demonstrate that the integration improves classification accuracy when dealing with mRNA and miRNA profiles of comparable predictive power
Název v anglickém jazyce
Knowledge-based subtractive integration of mRNA and miRNA expression profiles to differentiate myelodysplastic syndrome
Popis výsledku anglicky
The goal of our work is to integrate conventional mRNA expression profiles with miRNA expressions using the knowledge of their validated or predicted interactions in order to improve class prediction in genetically conditioned diseases. The raw mRNA andmiRNA expression features get enriched or replaced by new aggregated features that model the mRNA-miRNA regulation. The proposed subtractive integration method is directly motivated by the inhibition/degradation models of gene expression regulation. Themethod aggregates mRNA and miRNA expressions by subtracting a proportion of miRNA expression values from their respective target mRNAs. The method is used to model the outcome or progress of myelodysplastic syndrome, a blood production disease often progressing to leukemia. The reached results demonstrate that the integration improves classification accuracy when dealing with mRNA and miRNA profiles of comparable predictive power
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
FD - Onkologie a hematologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
BIOINFORMATICS 2014: proceedings of the international conference on bioinformatics models, methods and algorithms
ISBN
978-989-758-012-3
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
31-39
Název nakladatele
SciTePress
Místo vydání
Setubal
Místo konání akce
Angers, Loire Valley, France
Datum konání akce
3. 3. 2014
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
000345686400009