Využití nové generace sekvenování pro diagnostiku původce moru včelího plodu Paenibacillus larvae

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F16%3A00003705" target="_blank" >RIV/00027006:_____/16:00003705 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.vurv.cz/sites/File/Publications/ISBN978-80-7427-205-9.pdf" target="_blank" >http://www.vurv.cz/sites/File/Publications/ISBN978-80-7427-205-9.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Využití nové generace sekvenování pro diagnostiku původce moru včelího plodu Paenibacillus larvae

Popis výsledku v původním jazyce

Metodika je zaměřena na využití sekvenování nové generace pro diagnostiku Paenibacillus larvae, který je původce moru včelího plodu. Použitý metodický přístup umožňuje detekci patogena v různých vývojových stádiích včel včetně dospělých dělnic, které přenášejí infekci. Metoda je tedy vhodná pro preklinickou diagnostiku moru včelího plodu. Popsaným postupem je možné nejen detekovat a kvantifikovat patogena, ale i jiné bakterie, jejichž zastoupení může patogen ovlivňovat. Postup byl ověřován na konkrétním případu moru včelího plodu. Text zahrnuje podrobně popsané postupy laboratorního zpracování vzorků včel, vyhodnocení v bioinformatickém programu mothur a interpretaci dat. Metodika je využitelná pro potřeby laboratoří zabývající se diagnostikou onemocnění včel, je vhodná i pro potřeby výzkumné či didaktické.

Název v anglickém jazyce

Next-generation DNA sequencing method for diagnosis of Paenibacillus larvae

Popis výsledku anglicky

The methodology is focused on utilization of the Next-generation sequencing in diagnostics of Paenibacillus larvae, the causative agent of American foulbrood. The methodical approach enables detection of pathogen in different honeybee developmental stages including worker bees that transmit the disease. Thus, the method is useful for preclinical diagnostics of American foulbrood. The method enables not only detection and quantification of pathogen, but also detection of different bacteria which occurrence can be influence by pathogen. The technique was verified on the particular case of American foulbrood. The matter includes in detail described working procedures such as sample processing, data evaluation with bioinformatics software mothur and interpretation of the data. The methodology is useful for laboratories interested in diagnostics of honeybee diseases, and is suitable also for research or didactic purposes.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

GJ - Choroby a škůdci zvířat, veterinární medicina

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/QJ1310085" target="_blank" >QJ1310085: Nové metody pro komplexní diagnostiku zdravotního stavu včelstev Apis mellifera pro prevenci chorob a zvýšení jejich fitness</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2016

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

ISBN 978-80-7427-205-9

Číslo předpisu

18890/2016-MZE-16232

Technické parametry

Osvědčení pod č.j. 18890/2016-MZE-16232 o uznání uplatněné certifikované metodiky vydalo Ministerstvo zemědělství, Sekce lesního hospodářství, Odbor státní správy lesů, myslivosti a rybářství dne 15.6.2016. Smlouva o využití výsledku č. 3/2016 byla uzavřena s Českým svazem včelařů, z.s., Křemencova 8, 110 00 Praha 1, IČ: 00443239, DIČ: CZ00443239, zastoupeným předsedkyní Mgr. Jarmilou Machovou a tajemníkem Ing. Petrem Šerákem (uživatel) dne 31.5.2016. Statutární zástupce za VÚRV, v.v.i.: Dr. Ing. Pavel Čermák, ředitel Kontaktní osoba za VÚRV,v.v.i.: Doc. Mgr. Jan Hubert, Ph.D., tel. 233022265, e-mail: hubert@vurv.cz ISBN 978-80-7427-205-9

Ekonomické parametry

Náklady na extrakci DNA z jednoho vzorku se pohybují okolo 100 Kč. Sekvenování jednoho vzorku včetně bioinformatické analýzy obalsti V1-V3 stálo 80 USD. Konkurenční sekvenanční firmy nabízejí 20-30 USD za sekvenaci V4-V5 obůasti 16S rRNA. V této studii byla využita analýza 40 vzorků s odhadovanou cenou 100 tisíc Kč bez nákladů spojených s interpretací výsledků.

Označení certifikačního orgánu

Ministerstvo zemědělství, Sekce lesního hospodářství, Odbor státní správy lesů, myslivosti a rybářství, Těšnov 65/17, 110 00 Praha 1

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů