Rychlá metodika pro rozlišení česneku (Allium sativum L.), typu český paličák pomocí mikrosatelitních markerů

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F17%3A00004056" target="_blank" >RIV/00027006:_____/17:00004056 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.vurv.cz/sites/File/Publications/ISBN%20978-80-7427-237-0.pdf" target="_blank" >http://www.vurv.cz/sites/File/Publications/ISBN%20978-80-7427-237-0.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Rychlá metodika pro rozlišení česneku (Allium sativum L.), typu český paličák pomocí mikrosatelitních markerů

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem této metodiky bylo ověřit a sestavit soubor mikrosatelitních markerů pro účely ověření, které je třeba použít pro nespornou identifikaci vybraných druhů česneku typu český paličák. Předmětem metodiky je jednoduchý postup pro určení česneků typu český paličák pomocí analýzy mikrosatelitů (SSR- Single Sequence Repeats), který je využitelný zkušebními laboratořemi v praxi. Popsaná metoda umožňuje identifikovat odrůdy a novošlechtění českého česneku typu paličáku pomocí DNA markerů (alel mikrosatelitů), které jsou přítomny pouze u této skupiny odrůd a novošlechtění česneku. Podstatou je amplifikace úseků genomu obsahující daný mikrosatelitní lokus pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) při použití specifických, flourescenčně značených primerů a následná analýza délky produktů PCR. Metodika nově přináší unikátní soubor diagnostických SSR markerů, postup hodnocení a interpretace výsledků.

Název v anglickém jazyce

A simple method for detection of Czech bolting garlics (Allium sativum L.)using microsatellite analysis

Popis výsledku anglicky

The aim of the methodology was to verify and compile a set of microsatellite markers for the purpose of verification to be used for the undisputed identification of selected types of Czech bolting garlics. The object of submitted methodology is to simplify procedure that allow to determine Czech bolting garlic using microsatellite analysis (SSR- Single Sequence Repeats), which is applicable in testing laboratories. The described method allows to identify the variety and breeding material of bolting garlic of Czech origin using DNA markers (microsatellite alleles) that are present only for this group of varieties and breeding lines. By the amplification of the genome containing the microsatellite locus by polymerase chain reaction (PCR) using specific, fluorescently labeled primers, and subsequent analysis of the lengths of PCR products. Methodology newly brings a unique set of diagnostic SSR markers, describe the evaluation and interpretation of the results.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

<a href="/cs/project/QJ1210158" target="_blank" >QJ1210158: Bezpečná a kvalitní zelenina r. Allium se zaměřením na česnek z domácích zdrojů</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2017

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

ISBN 978-80-7427-237-0

Číslo předpisu

1/2017*

Technické parametry

Osvědčení pod č.j. 1/2017* o uznání certifikované metodiky vydala dne 13.4.2017 Státní zemědělská a potravinářská inspekce. Smlouva o uplatnění certifikované metodiky č. č. 2/2017 uzavřená dne 9.3.2017 mezi stranami - Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i., Drnovská 507, 161 06 Praha 6, IČ00027006, DIČ: CZ00027006 (poskytovatel) a SZPI, Květná 15, 603 00 Brno, IČ: 75014149, DIČ: CZ75014149, zastoupený Ing. Martinem Klanicou, ústředním ředitelem,(uživatel). Statutární zástupce za VÚRV, v.v.i.: Dr. Ing. Pavel Čermák, ředitel Kontaktní osoba za VÚRV,v.v.i.: RNDr. Jaroslava Ovesná, CSc.tel. 233022424, e-mail: ovesna@vurv.cz ISBN 978-80-7427-237-0

Ekonomické parametry

Cena analýzy jednoho vzorku česneku všemi 3 vybranými SSR markery činí cca 4.000,- Kč (včetně izolace DNA, PCR a analýzy v přístroji ABI PRISM 3130). Pro zavedení metodiky do praxe je třeba počítat s náklady na verifikaci metody na daném pracovišti. Je třeba analyzovat alespoň 5 standardních vzorků (referenčních standardů pro hodnocený SSR lokus) a to v deseti nezávislých opakováních (technické replikáty).

Označení certifikačního orgánu

Státní zemědělská a potravinářská inspekce, Květná 15, 603 00 Brno

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů