Fungal OTU Table and Taxonomic Assignments Generated via SEED2

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F25%3A10178119" target="_blank" >RIV/00027006:_____/25:10178119 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.5281/zenodo.15736295" target="_blank" >https://doi.org/10.5281/zenodo.15736295</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Fungal OTU Table and Taxonomic Assignments Generated via SEED2

Popis výsledku v původním jazyce

This dataset contains original bioinformatically processed data from fungal sequencing library using the SEED2 (v2.0.4) pipeline (Větrovský et al., 2018). The data were processed as described in Řezáčová et al. (2019) and Řezáč et al. (2021, 2025). Paired-end reads were assembled, low-quality sequences and reads shorter than 250 bp were removed, and the target regions were extracted. The sequences were then clustered into Operational Taxonomic Units (OTUs) at a 97% similarity threshold. Chimera detection was performed using USEARCH 8.1.1861. A representative sequence (most abundant in the cluster) was selected for each OTU and taxonomically assigned using BLASTn (v2.5.0+) against curated fungal reference databases.

Název v anglickém jazyce

Fungal OTU Table and Taxonomic Assignments Generated via SEED2

Popis výsledku anglicky

This dataset contains original bioinformatically processed data from fungal sequencing library using the SEED2 (v2.0.4) pipeline (Větrovský et al., 2018). The data were processed as described in Řezáčová et al. (2019) and Řezáč et al. (2021, 2025). Paired-end reads were assembled, low-quality sequences and reads shorter than 250 bp were removed, and the target regions were extracted. The sequences were then clustered into Operational Taxonomic Units (OTUs) at a 97% similarity threshold. Chimera detection was performed using USEARCH 8.1.1861. A representative sequence (most abundant in the cluster) was selected for each OTU and taxonomically assigned using BLASTn (v2.5.0+) against curated fungal reference databases.

Druh

S_db - Specializovaná veřejná databáze

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

<a href="/cs/project/QK21010308" target="_blank" >QK21010308: Efektivní systémy pěstování meziplodin využívající principy biotických intenzifikací</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2025

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Číslo předpisu

MZE-91755/2025-16222/SVD3

Označení certifikačního orgánu

Ministerstvo zemědělství Těšnov 17, Praha 1

Datum certifikace

—