Laboratorní určování funkčních variant v genech TLR přirozené imunity skotu

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027014%3A_____%2F18%3AN0000261" target="_blank" >RIV/00027014:_____/18:N0000261 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://vuzv.cz/wp-content/uploads/2019/01/18260.pdf" target="_blank" >https://vuzv.cz/wp-content/uploads/2019/01/18260.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Laboratorní určování funkčních variant v genech TLR přirozené imunity skotu

Popis výsledku v původním jazyce

Přímá selekce na zdravotní znaky v populacích mléčného skotu, konkrétně na znaky rezistence vůči infekcím, je usnadněna možností určovat konkrétní varianty příčinných genů, které tyto znaky řídí. Zvažování účinků variant genů působících v rámci přirozené imunity je třeba považovat za doplněk základního výpočtu plemenných hodnot a tvorby selekčních indexů a konzultační činnosti při zlepšení stáda pro požadované znaky. Cílem metodiky je koncentrovat možnosti, které poskytuje variabilita klíčové skupiny TLR genů vrozené imunity, pro genetickou diagnostiku. TLR geny kódují řadu deseti tzv. Toll-like receptorů, na něž navazuje signální dráha, která aktivuje obrannou odpověď už na úrovni přepisu genů. Metodika zahrnula určení těch variant TLR genů, které se vyskytují v domácích populacích dojeného skotu na základě provedeného výzkumu. Ten byl založen na resekvenování vybraných genů pomocí sekvenování nové generace. Druhým kritériem je počítačová předpověď významného efektu změny na úrovni bílkoviny. Třetím kritériem pro zařazení jsou údaje, které byly o účinku konkrétních mutací publikovány pro světové populace. Ty jsou v metodice uvedeny a měly by poskytnout podklady pro jejich šlechtitelské využití výsledků testů. Údaje o efektech budou průběžně doplňovány výsledky validace efektů u mléčného skotu na základě ukončeného projektu NAZV QJ1610489 a potenciálních dalších výzkumů, zejména na základě dat zjišťovaných po rozšíření metodiky. Technicky je metodika založena na amplifikaci vybraných úseků z genů TLR ze vzorků genomické DNA skotu a následném provádění genotypovacích reakcí na těchto fragmentech. Ty jsou typu extenze primeru (SNaPshot v komerční variantě). Kromě ekonomického přínosu metodiky pro šlechtění je třeba brát zřetel na omezení používání antibiotik, zlepšení wellfare zvířat a také stabilitu odvětví pro případ epizootií. Šlechtění na zdravotní znaky je třeba považovat za součást trvale udržitelného zemědělství.

Název v anglickém jazyce

Laboratory determination of functional variants in the TLR genes of cattle innate immunity

Popis výsledku anglicky

Direct selection for resistance traits in dairy cattle, including the traits of disease resistance, is facilitated by the possibility to determine the variants of the causal genes. Exploitation of the variants of genes acting in innate immunity complements the calculated breeding values and selection indices in the herd improvement. The method concentrates possibilities provided by TLR genes as the key group of the innate immunity genes for genetic diagnostics. The TLR genes code for a series of ten so-called Toll-like receptors that are associated with a subsequent signalling pathway activating defence response. The method includes those TLR gene variants that are present in the dairy cattle populations of the Czech Republic according on the survey based the next-generation sequencing. Another criterion is a computer prediction of a significant effect of the change on the protein level. The third criterion are the data that were published about the variant effect for the world cattle populations. These data are included in the method description and provide a basis for the exploitation of the test results by breeders. The data about the effects will be completed with the results of the validation of the variant effects in dairy cattle, as based on the already terminated project of the National Agency for Agricultural Research of the CR QJ1610489 and associated research in future. Technically, the method is based on the amplification of the regions of the TLR genes from the samples of cattle genomic DNA and performing genotyping reactions on these fragments. The reactions are of the primer extension type (SNaPshot). In addition to the economic contribution of the method for breeding, it is necessary to take into account the restrictions on the antibiotic use, improvement of the animal welfare, and also the stability of the heard in case of the zoonoses. Breeding for the health traits must be considered as a part of the sustainable agriculture.

Druh

N_metC - Metodiky certifikované oprávněným orgánem

CEP obor

—

OECD FORD obor

40203 - Husbandry

Projekt

<a href="/cs/project/QJ1610489" target="_blank" >QJ1610489: Výskyt genetických faktorů pro infekční odolnost u vybraných plemen mléčného skotu</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

978-80-7403-211-0

Číslo předpisu

11081-2018/ČPI

Technické parametry

Označení metodiky je Nmet 11081 - 2018_ČPIV. V rámci metodiky se provádí stanovení 14 genových variant se známým účinkem na infekční rezistenci v genech skotu TLR1, TLR2, TLR4 a TLR6. Jedná se o geny kódující klíčové prvky systému přirozené imunity, tzv. Toll-like receptory. Stanovení se provádí souběžně v sadách genotypovacích reakcí, tzv. multiplexech, pro snížení pracnosti a racionalizaci nákladů. Výběr variant odpovídá praktické použitelnosti ve šlechtění vzhledem ke známým efektům na zdravotní stav. Publikovaná populační data jsou podpořena výsledky počítačové predikce. Jsou zahrnuty pouze varianty přítomné v populacích českého strakatého skotu a české červinky podle výsledků resekvenování. Smlouva o využití metodiky byla uzavřena dne 3.12.2018 s firmou Schaumann ČR, s.r.o., IČ 6087289, zastoupenou Ing. Dušanem Kořínkem, Ph.D., prokuristou. Sídlo firmy je náměstí Svobody 35, 38701 Volyně, ČR, tel. +420 383 339 110.

Ekonomické parametry

Hodnocení přínosu metodiky je rozpracováno v závěrečné zprávě projektu NAZV QJ1610489 (2016-2018). Zvýšení tržeb je odhadováno pro pětileté období 2019-2023 na 0,5 mln Kč ve VÚŽV (servisní genotypování býků), 3 mln Kč ze zhodnocení genotypovaných býků v CHD Impuls a dalších plemenářských organizacích ČR, případně jako snížení nákladů o 3,3 mln díky snížení nemocnosti dojnic o 1% v letech 2022 a 2023 při využívání genotypování v rozsahu metodiky. Zvýšení exportu inseminačních dávek genotypovaných býků lze velice opatrně odhadnout na 0,3 mln, zejména v exportu do veterinárně problematických regionů. Obtížně lze ekonomicky hodnotit zlepšení welfare zvířat, ale i to je třeba považovat za přínos projektu.

Označení certifikačního orgánu

Česká plemenářská inspekce

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů