Rozlišení osmi druhů parazitických hlístic rodu Trichinella s využitím High Resolution Melting (HRM) analýzy

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F18%3AN0000023" target="_blank" >RIV/00027162:_____/18:N0000023 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2018.pdf" target="_blank" >http://www.rank.cz/files/sbornik-RANK-2018.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Rozlišení osmi druhů parazitických hlístic rodu Trichinella s využitím High Resolution Melting (HRM) analýzy

Popis výsledku v původním jazyce

Hlístice rodu Trichinella (kmen Nematoda), patří mezi celosvětově rozšířené parazity tenkého střeva a buněk příčně pruhované kosterní svaloviny. Napadají více než sto druhů hostitelů, mezi kterými jsou zastoupeni savci, plazi i draví ptáci. Mnozí zástupci rodu Trichinella jsou původci zoonóz, přičemž u člověka způsobují závažné onemocnění nazývané trichinelóza, které bylo doposud dokumentováno v 55 zemích světa. Obecně se zástupci rodu Trichinella dělí do dvou morfologických skupin podle schopnosti svalových larev vytvářet kolem sebe kolagenní pouzdro. Silné pouzdro tvoří šest druhů (T1– T. spiralis, T2 - T. nativa, T3 - T. britovi, T5 - T. murrelli, T7 - T. nelsoni, T12 - T. patagoniensis) a tři další taxonomicky nedefinované genotypy (T6, T8 a T9). Tři druhy (T4 - T. pseudospiralis, T10 - T. papuae a T11 - T. zimbabwensis) toto pouzdro netvoří. Kromě rozdílů ve velikosti a v tvorbě kolagenních pouzder jsou jednotlivé druhy těchto hlístic morfologicky téměř nerozlišitelné. Cílem práce bylo vyvinout metodu umožňující rozlišení jednotlivých druhů parazitických hlístic rodu Trichinella. K tomuto účelu byla zvolena High resolution melting (HRM) analýza – jednoduchá, rychlá a spolehlivá metoda sloužící k detekci genetické variability amplifikovaných DNA fragmentů bez nutnosti sekvenace. Pro analýzu byl zvolen úsek mitochondriálního genu kódující podjednotku I oxidázy cytochromu C (COI), vyznačující se požadovanou konzervovaností nukleotidové sekvence v rámci druhu a zároveň variabilitou mezi blízce příbuznými druhy hlístic. Testováno bylo celkem 37 vzorků DNA – 33 vzorků izolovaných ze svalových larev hlístic referenčních druhů (T. spiralis ISS3, T. nativa ISS10, T. britovi ISS2, T. pseudospiralis ISS13; ISS588, T. nelsoni ISS37, T. murrelli ISS35, T. papuae ISS572 a T. zimbabwensis ISS1029) a 4 „slepé“ vzorky získané z přírodní infekce prasete divokého. Výstupem naší studie jsou druhově specifické křivky s konfidenčními intervaly vytvořené z křivek teplot tání DNA referenčních vzorků, které svým charakteristickým průběhem a tvarem umožňují jednoznačné odlišení osmi druhů hlístic rodu Trichinella. Všechny „slepé“ vzorky byly na základě vytvořených konfidenčních intervalů určeny jako T. britovi.

Název v anglickém jazyce

Differentiation of Eight Trichinella Species Using a High Resolution Melting (HRM) Analysis

Popis výsledku anglicky

Conference on Routine analysis of nucleic acids. Nematodes of the genus Trichinella are important parasites invading cells of the small intestine and skeletal muscles. Their global distribution is corresponding to the wide range of their hosts involving birds, reptiles and mammals. The representatives of the genus Trichinella are also causative agents of human trichinellosis, a serious human disease, which has been documented at least in 55 countries around the world. According to ability of muscle larvae to encapsulate in host muscle tissues or not, two main clades are recognized within the genus Trichinella. The “encapsulated clade” contains six species (T1 - Trichinella spiralis, T2 - T. nativa, T3 - T. britovi, T5 - T. murrelli, T7 - T. nelsoni, T12 - T. patagoniensis) and three additional taxonomically undefined genotypes (T6, T8 and T9). “Non-encapsulated clade” includes three species (T4 - T. pseudospiralis, T10 - T. papuae and T11 - T. zimbabwensis). Despite the difference in capsule formation and some size differences, the species and genotypes of all developmental stages of these parasites are morphologically indistinguishably. In this study, we adopted a high resolution melting (HRM) analysis, a simple, rapid and reliable method which can be used to identify single larvae of eight Trichinella taxa at the species level. HRM enables distinguishing of genetic variation in amplified DNA fragments without necessity of subsequent sequencing.Our approach differentiating capacity was evaluated using eight Trichinella species (T. spiralis ISS3, T. nativa ISS10, T. britovi ISS2, T. pseudospiralis ISS13; ISS588, T. nelsoni ISS37, T. murrelli ISS35, T. papuae ISS572 and T. zimbabwensis ISS1029), 37 samples of genomic DNA isolated from single muscle larvae and 4 „blind“ samples obtained from a natural infection of a wild pigs were analyzed. For the evaluation of melting process have been used difference plot, which represents the most transparent form of expression of species-specific matrix curves. We prove that qPCR-HRMA based on the mitochondrial COI gene allows differentiation of eight Trichinella species. All "blind" samples were determined as T. britovi.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů