Genetická rozmanitost humánních kmenů Listeria monocytogenes v České republice v letech 2016–2020

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F22%3AN0000076" target="_blank" >RIV/00027162:_____/22:N0000076 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/62157124:16270/22:43880420

Výsledek na webu

<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2022-2-24/geneticka-rozmanitost-humannich-kmenu-listeria-monocytogenes-v-ceske-republice-v-letech-2016-2020-131398" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2022-2-24/geneticka-rozmanitost-humannich-kmenu-listeria-monocytogenes-v-ceske-republice-v-letech-2016-2020-131398</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Genetická rozmanitost humánních kmenů Listeria monocytogenes v České republice v letech 2016–2020

Popis výsledku v původním jazyce

Cíl práce: Cílem studie bylo určit genetickou rozmanitost humánních izolátů získaných v letech 2016-2020 z klinických laboratoří z různých lokalit České republiky s ohledem na možné epidemické souvislosti a virulenci Listeria monocytogenes za využití dat celogenomového sekvenování. Metody: Ve studii byl použit soubor 102 humánních izolátů L. monocytogenes, u kterých byl určen sérotyp sklíčkovou aglutinací v kombinaci s multiplex PCR sérotypizací. Retrospektivně bylo provedeno celogenomové sekvenování a na základě získaných dat byla posouzena klonální příbuznost testovaných kmenů a přítomnost genů virulence pomocí softwaru Ridom SeqSphere+. Výsledky: V období let 2016-2020 bylo celkem charakterizováno 102 humánních izolátů L. monocytogenes, což činí 65 % ze všech hlášených případů listerióz registrovaných ve sledovaném období v ČR v systémech ISIN/EPIDAT. Dominantní zastoupení měl sérotyp 1/2a (57 %), následoval sérotyp 4b (30 %) a jen ojediněle byly detekovány kmeny sérotypu 1/2b (12 %) a 1/2c (1 %). Na základě analýzy celogenomových dat byly kmeny zařazeny k 26 klonálním komplexům a 27 sekvenačním typům. Porovnáním cgMLST (core genome Multi-Locus Sequence Typing) byly detekovány čtyři klastry o více jak třech kmenech vykazující vysokou příbuznost (rozdíly do 10 alel) s možnou epidemickou souvislostí. U všech kmenů byla potvrzena přítomnost klíčových genů virulence. Pouze u tří kmenů (sérotypu 1/2a, 1/2b a 1/2c) byla detekována bodová mutace v genu inlA spojovaná s expresí zkráceného proteinu internalinu A, který je zapojený do mechanismu přestupu L. monocytogenes intestinální bariérou. Závěr: Molekulární epidemiologie založená na celogenomovém sekvenování představuje účinný nástroj ke studiu populační struktury kmenů L. monocytogenes a umožňuje predikovat možné epidemické klastry dříve a účinněji než běžně používané epidemiologické metody. Při interpretaci výsledků molekulárně-biologických metod je vždy nutná úzká spolupráce s epidemiology.

Název v anglickém jazyce

Genetic diversity of Listeria monocytogenes human strains in the Czech Republic in 2016-2020

Popis výsledku anglicky

Aim of the study: The aim of the study was to determine the genetic diversity of human isolates sent in 2016–2020 from clinical laboratories from various locations of the Czech Republic considering on possible epidemic linkage and virulence of Listeria monocytogenes using whole genome sequencing data.Methods: Total of 102 human L. monocytogenes isolates, serotyped by slide agglutination in combination with multiplex PCR serotyping, were used in this study. Whole genome sequencing was performed retrospectively and based on the obtained data, the clonal relatedness of the tested strains and the presence of virulence genes were assessed using Ridom SeqSphere+ software. Results: During the years 2016-2020, a total of 102 human isolates of L. monocytogenes were characterized, which represents 65% of all reported cases of listeriosis in the monitored period in the Czech Republic in the ISIN/EPIDAT systems. Serotype 1/2a (57%) was dominant, followed by serotype 4b (30%). Strains of serotype 1/2b (12%) and 1/2c (1%) were rarely detected. Based on the analysis of whole genome sequencing data the strains were classified into 26 clonal complexes and 27 sequence types. Based on the cgMLST (core genome Multi-Locus Sequence Typing) analysis, four clusters of more than three strains were detected showing high relatedness (differences up to 10 alleles) with a possible epidemic link. The presence of all key virulence genes was confirmed in all strains. Only three strains (of serotypes 1/2a, 1/2b a 1/2c) detected a point mutation in the inlA gene associated with an expression of truncated protein internalin A, which is involved in the L. monocytogenes mechanism of crossing the intestinal barrier.Conclusion: Molecular epidemiology based on the whole genome sequencing is an effective tool for studying the population structure of L. monocytogenes strains and allows to predict possible epidemic clusters earlier and more efficiently than routinely used epidemiological methods. Close cooperation with epidemiologists is always necessary when interpreting the results of molecular biological methods.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie

ISSN

1210-7913

e-ISSN

1805-451X

Svazek periodika

71

Číslo periodika v rámci svazku

2

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

102-108

Kód UT WoS článku

000840260400001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85124814775