Studium vlivu výživy na vnitřní prostředí ryb in vivo

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F22%3AN0000236" target="_blank" >RIV/00027162:_____/22:N0000236 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Studium vlivu výživy na vnitřní prostředí ryb in vivo

Popis výsledku v původním jazyce

V rámci studia vlivu výživy na vnitřní prostředí ryb v akvakultuře bylo provedeno několik experimentů s aplikací probiotik a betaglukanů, které mohou být využity k obohacení krmiva, ale také mykotoxinů (konkrétně fumonisinů), které jsou produkovány plísněmi rodu Fusarium a mohou být příčinou narušení zdraví ryb. Mimo to byl hodnocen i vliv přídavku selenu a zinku, vliv zkrmování různých druhů boillies nebo vliv přídavku kvasnic. Součástí těchto experimentů byl odběr vzorků střeva na analýzu mikrobiomu. V případě expozice ryb probiotikům a fumonisinům byl rovněž hodnocen vliv koexpozice infekčnímu agens (Aeromonas salmonicida). Bylo sledováno složení mikrobioty střevního obsahu a také bylo hodnoceno bakteriální osídlení přímo na sliznici střeva. V rámci pitvy byl proveden odběr zadní části střeva. Vzorky byly bezprostředně po odběru umístěny do teploty -80 °C, aby se zabránilo změnám v zastoupení jednotlivých skupin mikroorganizmů v aerobním prostředí. V této teplotě byly uchovávány až do izolace DNA. K izolaci DNA byl použit komerční kolonkový izolační E.Z.N.A. Soil kit (Omega). Mikrobiální komunita střeva byla analyzována pomocí sekvenace amplikonů celého genu pro 16S rRNA pomocí sekvenování nové generace (Next generation sequencing, NGS) a to konkrétně s využitím technologie nanoporové sekvenace dlouhých readů a komerčního kitu pro 16S (Oxford Nanopore Technology). Získaná sekvenační data byla následně namapována na databázi RDP 16S s využitím nástroje na analýzu sekvencí USEARCH pomocí algoritmu SINTAX (Simple non-Bayesian taxonomy classifier). Získané soubory byly zpracovány s využitím jazyka R. Výsledná tabulka s počty jednotlivých taxonů v analyzovaných vzorcích a mapovací soubor byly zanalyzovány pomocí online nástroje MicrobiomeAnalyst pro metaanalýzu a vizualizaci metataxonomických dat. V rámci této analýzy byla hodnocena zejména alfa diverzita (Shannon, Chao1, Simpson index) a beta diverzita (PCoA) a to včetně posouzení statistické významnosti rozdílů (ANOVA, PERMANOVA). Aktuálně jsou kompletně zpracovány experimenty s probiotiky a fumonisiny, kde v obou případech byly zjištěny statisticky významné rozdíly ve složení mikrobiální komunity mezi sledovanými skupinami. Ostatní experimenty budou průběžně dokončovány.

Název v anglickém jazyce

Study of the influence of nutrition on the internal environment of fish in vivo

Popis výsledku anglicky

V rámci studia vlivu výživy na vnitřní prostředí ryb v akvakultuře bylo provedeno několik experimentů s aplikací probiotik a betaglukanů, které mohou být využity k obohacení krmiva, ale také mykotoxinů (konkrétně fumonisinů), které jsou produkovány plísněmi rodu Fusarium a mohou být příčinou narušení zdraví ryb. Mimo to byl hodnocen i vliv přídavku selenu a zinku, vliv zkrmování různých druhů boillies nebo vliv přídavku kvasnic. Součástí těchto experimentů byl odběr vzorků střeva na analýzu mikrobiomu. V případě expozice ryb probiotikům a fumonisinům byl rovněž hodnocen vliv koexpozice infekčnímu agens (Aeromonas salmonicida). Bylo sledováno složení mikrobioty střevního obsahu a také bylo hodnoceno bakteriální osídlení přímo na sliznici střeva. V rámci pitvy byl proveden odběr zadní části střeva. Vzorky byly bezprostředně po odběru umístěny do teploty -80 °C, aby se zabránilo změnám v zastoupení jednotlivých skupin mikroorganizmů v aerobním prostředí. V této teplotě byly uchovávány až do izolace DNA. K izolaci DNA byl použit komerční kolonkový izolační E.Z.N.A. Soil kit (Omega). Mikrobiální komunita střeva byla analyzována pomocí sekvenace amplikonů celého genu pro 16S rRNA pomocí sekvenování nové generace (Next generation sequencing, NGS) a to konkrétně s využitím technologie nanoporové sekvenace dlouhých readů a komerčního kitu pro 16S (Oxford Nanopore Technology). Získaná sekvenační data byla následně namapována na databázi RDP 16S s využitím nástroje na analýzu sekvencí USEARCH pomocí algoritmu SINTAX (Simple non-Bayesian taxonomy classifier). Získané soubory byly zpracovány s využitím jazyka R. Výsledná tabulka s počty jednotlivých taxonů v analyzovaných vzorcích a mapovací soubor byly zanalyzovány pomocí online nástroje MicrobiomeAnalyst pro metaanalýzu a vizualizaci metataxonomických dat. V rámci této analýzy byla hodnocena zejména alfa diverzita (Shannon, Chao1, Simpson index) a beta diverzita (PCoA) a to včetně posouzení statistické významnosti rozdílů (ANOVA, PERMANOVA). Aktuálně jsou kompletně zpracovány experimenty s probiotiky a fumonisiny, kde v obou případech byly zjištěny statisticky významné rozdíly ve složení mikrobiální komunity mezi sledovanými skupinami. Ostatní experimenty budou průběžně dokončovány.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

40301 - Veterinary science

Projekt

<a href="/cs/project/EF16_019%2F0000869" target="_blank" >EF16_019/0000869: Udržitelná produkce zdravých ryb v různých akvakulturních systémech - PROFISH</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů