Genetická diverzita izolátů Paenibacillus larvae na území České republiky a přilehlé části Slovenska

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F23%3AN0000027" target="_blank" >RIV/00027162:_____/23:N0000027 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Genetická diverzita izolátů Paenibacillus larvae na území České republiky a přilehlé části Slovenska

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem práce bylo analyzovat kmeny Paenibacillus larvae vyskytující se na území České republiky v letech 2016-2017 a charakterizovat genetickou strukturu jejich populace s využitím genotypizace ERIC, multilokusové sekvenční typizace (MLST) a analýzy celogenomové sekvence (WGS). Výsledky byly doplněny analýzou izolátů odebraných v roce 2018 v oblastech Slovenska nacházejících se v blízkosti česko-slovenské hranice. Genotypizace ERIC odhalila, že 78,9 % testovaných izolátů patřilo do genotypu ERIC II a 21,1 % do genotypu ERIC I. MLST ukázal šest sekvenčních typů, přičemž ST10 a ST11 byly mezi izoláty nejčastější. U šesti izolátů jsme našli nesrovnalost v korelaci mezi genotypem MLST a ERIC. MLST a WGS analýza izolátů odhalila, že každá ze dvou geografických oblastí s vysokým výskytem moru včelího plodu měla své vlastní dominantní kmeny P. larvae. Předpokládáme, že tyto kmeny představovaly primární zdroje infekce v postižených oblastech. Kromě toho byla v geograficky vzdálených oblastech odhalena sporadická přítomnost kmenů identifikovaných porovnáním celogenomových sekvencí jako geneticky příbuzné, což naznačuje možný přenos P. larvae zprostředkovaný člověkem.

Název v anglickém jazyce

Genetic diversity of Paenibacillus larvae isolates in the territory of the Czech Republic and the adjacent part of Slovakia

Popis výsledku anglicky

The aim of the work was to analyze strains of Paenibacillus larvae occurring in the territory of the Czech Republic in 2016-2017 and to characterize the genetic structure of their population using ERIC genotyping, multilocus sequence typing (MLST) and whole genome sequence analysis (WGS). The results were supplemented by the analysis of isolates collected in 2018 in areas of Slovakia located near the Czech-Slovak border. ERIC genotyping revealed that 78.9% of the tested isolates belonged to the ERIC II genotype and 21.1% to the ERIC I genotype. MLST showed six sequence types, with ST10 and ST11 being the most common among the isolates. We found a discrepancy in the correlation between MLST and ERIC genotype for six isolates. MLST and WGS analysis of the isolates revealed that each of the two geographical areas with high incidence of American foulbrood had its own dominant strains of P. larvae. We hypothesize that these strains represented the primary sources of infection in the affected areas. In addition, the sporadic presence of strains identified by comparison of whole-genome sequences as genetically related was revealed in geographically distant areas, suggesting possible human-mediated transmission of P. larvae.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

40301 - Veterinary science

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2023

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů