Genotypizace a průzkum faktorů virulence u Streptococcus uberis pomocí celogenomového sekvenování

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F24%3AN0000010" target="_blank" >RIV/00027162:_____/24:N0000010 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://vetweb.cz/genotypizace-a-pruzkum-faktoru-virulence-u-streptococcus-uberis-pomoci-celogenomoveho-sekvenovani/" target="_blank" >https://vetweb.cz/genotypizace-a-pruzkum-faktoru-virulence-u-streptococcus-uberis-pomoci-celogenomoveho-sekvenovani/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Genotypizace a průzkum faktorů virulence u Streptococcus uberis pomocí celogenomového sekvenování

Popis výsledku v původním jazyce

Sto čtyřicet kmenů S. uberis asociovaných s bovinní mastitidou, pocházejících ze 74 chovů z České republiky, bylo podrobeno genetické charakterizaci pomocí celogenomového sekvenování. Izoláty byly testovány na přítomnost genů antimikrobiální rezistence (AMR), genů kódujících faktory virulence a byla vyhodnocena jejich genetická příbuznost srovnáním jádrového genomu. V naší studii bylo identifikováno 88 různých sekvenčních typů (ST), 39 % izolátů bylo zařazeno ke globálnímu klonálnímu komplexu 5 (GCC5), po jednom izolátu ke GCC86 a GCC143, 59 % izolátů nebylo přiřazeno k žádnému GCC. U izolátů S. uberis bylo identifikováno 51 genů faktorů virulence, většina izolátů obsahovala 27-29 testovaných genů. U některých ST byla zaznamenána tendence k výskytu shluku určitých genů virulence a genů AMR. Analýza neodhalila diverzitu mezi izoláty seskupenými podle GCC nebo prevalence ST. Sekvenční typy identifikované v naší sbírce izolátů byly rozšířeny ve většině hlavních větví fylogenetického stromu.

Název v anglickém jazyce

Genotyping and virulence factor gene survey in Streptococcus uberis using whole-genome sequencing

Popis výsledku anglicky

One hundred and forty S. uberis strains isolated from mastitis milk samples, originated from 74 cow herds located in the Czech Republic, were subjected to genetic characterization using whole-genome sequencing. The isolates were screened for the presence of antimicrobial resistance genes (AMR), genes encoding virulence factors and their genetic relatedness was assessed by core genome comparison. In our study, 88 different sequence types (STs) were identified, global clonal complex 5 (GCC5) represented the largest group, accounting for 39 % of the isolates, one isolate belonged to GCC86, and another to GCC143, the remaining 59 % of STs were not fit to any GCC. Fifty-one putative virulence factor genes were identified in the isolates and the majority of isolates harboured 27-29 of screened genes. There was a tendency for virulence factor and AMR genes to cluster by some STs. Analysis did not reveal diversity among isolates grouped by GCC or prevalence of STs. Sequence types identified in our collection of isolates were spread in most major branches of the phylogenetic tree.

Druh

J_ost - Ostatní články v recenzovaných periodicích

CEP obor

—

OECD FORD obor

40301 - Veterinary science

Projekt

<a href="/cs/project/QK1910212" target="_blank" >QK1910212: Moderní metody diagnostiky, terapie a prevence mastitid způsobených Streptococcus uberis jako nástroj pro sestavování cílených kontrolních programů v chovech skotu</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Veterinářství

ISSN

0506-8231

e-ISSN

—

Svazek periodika

74

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

24-30

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—