Epigenome-wide analysis of DNA methylation reveals a rectal cancer-specific epigenomic signature
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00064190%3A_____%2F16%3AN0000161" target="_blank" >RIV/00064190:_____/16:N0000161 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68378041:_____/16:00469354 RIV/00216208:11110/16:10326823 RIV/00216208:11140/16:10326823 RIV/00669806:_____/16:10326823 a 2 dalších
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.2217/epi-2016-0044" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.2217/epi-2016-0044</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.2217/epi-2016-0044" target="_blank" >10.2217/epi-2016-0044</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Epigenome-wide analysis of DNA methylation reveals a rectal cancer-specific epigenomic signature
Popis výsledku v původním jazyce
Aim: The aim of the present study is to address a genome-wide search for novel methylation biomarkers in the rectal cancer (RC), as only scarce information on methylation profile is available. Materials & methods: We analyzed methylation status in 25 pairs of RC and adjacent healthy mucosa using the Illumina Human Methylation 450 BeadChip. Results: We found significantly aberrant methylation in 33 genes. After validation of our results by pyrosequencing, we found a good agreement with our findings. The BPIL3 and HBBP1 genes resulted hypomethylated in RC, whereas TIFPI2, ADHFE1, FLI1 and TLX1 were hypermethylated. An external validation by TCGA datasets confirmed the results. Conclusion: Our study, with external validation, has demonstrated the feasibility of using specific methylated DNA signatures for developing biomarkers in RC.
Název v anglickém jazyce
Epigenome-wide analysis of DNA methylation reveals a rectal cancer-specific epigenomic signature
Popis výsledku anglicky
Aim: The aim of the present study is to address a genome-wide search for novel methylation biomarkers in the rectal cancer (RC), as only scarce information on methylation profile is available. Materials & methods: We analyzed methylation status in 25 pairs of RC and adjacent healthy mucosa using the Illumina Human Methylation 450 BeadChip. Results: We found significantly aberrant methylation in 33 genes. After validation of our results by pyrosequencing, we found a good agreement with our findings. The BPIL3 and HBBP1 genes resulted hypomethylated in RC, whereas TIFPI2, ADHFE1, FLI1 and TLX1 were hypermethylated. An external validation by TCGA datasets confirmed the results. Conclusion: Our study, with external validation, has demonstrated the feasibility of using specific methylated DNA signatures for developing biomarkers in RC.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
FP - Ostatní lékařské obory
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2016
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
EPIGENOMICS
ISSN
1750-1911
e-ISSN
—
Svazek periodika
8
Číslo periodika v rámci svazku
9
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
14
Strana od-do
14
Kód UT WoS článku
000383180400005
EID výsledku v databázi Scopus
—