Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Quality control and quantification in IG/TR next-generation sequencing marker identification: protocols and bioinformatic functionalities by EuroClonality-NGS

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00064203%3A_____%2F19%3A10398450" target="_blank" >RIV/00064203:_____/19:10398450 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14740/19:00108523 RIV/00216208:11130/19:10398450 RIV/65269705:_____/19:00071218

  • Výsledek na webu

    <a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=W1a4AF56gF" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=W1a4AF56gF</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41375-019-0499-4" target="_blank" >10.1038/s41375-019-0499-4</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Quality control and quantification in IG/TR next-generation sequencing marker identification: protocols and bioinformatic functionalities by EuroClonality-NGS

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Assessment of clonality, marker identification and measurement of minimal residual disease (MRD) of immunoglobulin (IG) and T cell receptor (TR) gene rearrangements in lymphoid neoplasms using next-generation sequencing (NGS) is currently under intensive development for use in clinical diagnostics. So far, however, there is a lack of suitable quality control (QC) options with regard to standardisation and quality metrics to ensure robust clinical application of such approaches. The EuroClonality-NGS Working Group has therefore established two types of QCs to accompany the NGS-based IG/TR assays. First, a central polytarget QC (cPT-QC) is used to monitor the primer performance of each of the EuroClonality multiplex NGS assays; second, a standardised human cell line-based DNA control is spiked into each patient DNA sample to work as a central in-tube QC and calibrator for MRD quantification (cIT-QC). Having integrated those two reference standards in the ARResT/Interrogate bioinformatic platform, EuroClonality-NGS provides a complete protocol for standardised IG/TR gene rearrangement analysis by NGS with high reproducibility, accuracy and precision for valid marker identification and quantification in diagnostics of lymphoid malignancies.

  • Název v anglickém jazyce

    Quality control and quantification in IG/TR next-generation sequencing marker identification: protocols and bioinformatic functionalities by EuroClonality-NGS

  • Popis výsledku anglicky

    Assessment of clonality, marker identification and measurement of minimal residual disease (MRD) of immunoglobulin (IG) and T cell receptor (TR) gene rearrangements in lymphoid neoplasms using next-generation sequencing (NGS) is currently under intensive development for use in clinical diagnostics. So far, however, there is a lack of suitable quality control (QC) options with regard to standardisation and quality metrics to ensure robust clinical application of such approaches. The EuroClonality-NGS Working Group has therefore established two types of QCs to accompany the NGS-based IG/TR assays. First, a central polytarget QC (cPT-QC) is used to monitor the primer performance of each of the EuroClonality multiplex NGS assays; second, a standardised human cell line-based DNA control is spiked into each patient DNA sample to work as a central in-tube QC and calibrator for MRD quantification (cIT-QC). Having integrated those two reference standards in the ARResT/Interrogate bioinformatic platform, EuroClonality-NGS provides a complete protocol for standardised IG/TR gene rearrangement analysis by NGS with high reproducibility, accuracy and precision for valid marker identification and quantification in diagnostics of lymphoid malignancies.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    30204 - Oncology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Leukemia

  • ISSN

    0887-6924

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    33

  • Číslo periodika v rámci svazku

    9

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    2254-2265

  • Kód UT WoS článku

    000484399300010

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85067866924