Potential and pitfalls of whole transcriptome-based immunogenetic marker identification in acute lymphoblastic leukemia; a EuroMRD and EuroClonality-NGS Working Group study
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00064203%3A_____%2F21%3A10424834" target="_blank" >RIV/00064203:_____/21:10424834 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216208:11130/21:10424834 RIV/00216224:14740/21:00124268
Výsledek na webu
<a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=OxQhlsPKoP" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=OxQhlsPKoP</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41375-021-01154-z" target="_blank" >10.1038/s41375-021-01154-z</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Potential and pitfalls of whole transcriptome-based immunogenetic marker identification in acute lymphoblastic leukemia; a EuroMRD and EuroClonality-NGS Working Group study
Popis výsledku v původním jazyce
Identification of immunoglobulin (IG) and T-cell receptor (TR) gene rearrangements in acute lymphoblastic leukemia (ALL) patients at initial presentation is crucial for monitoring of minimal residual disease (MRD) during subsequent follow-up and thereby for appropriate risk-group stratification. In a diagnostic setting, IG/TR gene rearrangements are generally identified using DNA-based PCR analysis, followed by classical Sanger sequencing or next generation sequencing (NGS).Nowadays, whole transcriptome RNA sequencing (RNAseq) is frequently used to identify fusion genes and to assign patients into distinct molecular subgroups according to WHO 2016 classification, or for protocol-based clinical decisions. Hence, it would be beneficial if RNAseq data could also be used for the identification of IG/TR gene rearrangements pertaining to the leukemic clone.
Název v anglickém jazyce
Potential and pitfalls of whole transcriptome-based immunogenetic marker identification in acute lymphoblastic leukemia; a EuroMRD and EuroClonality-NGS Working Group study
Popis výsledku anglicky
Identification of immunoglobulin (IG) and T-cell receptor (TR) gene rearrangements in acute lymphoblastic leukemia (ALL) patients at initial presentation is crucial for monitoring of minimal residual disease (MRD) during subsequent follow-up and thereby for appropriate risk-group stratification. In a diagnostic setting, IG/TR gene rearrangements are generally identified using DNA-based PCR analysis, followed by classical Sanger sequencing or next generation sequencing (NGS).Nowadays, whole transcriptome RNA sequencing (RNAseq) is frequently used to identify fusion genes and to assign patients into distinct molecular subgroups according to WHO 2016 classification, or for protocol-based clinical decisions. Hence, it would be beneficial if RNAseq data could also be used for the identification of IG/TR gene rearrangements pertaining to the leukemic clone.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
30205 - Hematology
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2021
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Leukemia
ISSN
0887-6924
e-ISSN
—
Svazek periodika
35
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
5
Strana od-do
924-928
Kód UT WoS článku
000619689600001
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85102608202