Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00159816%3A_____%2F22%3A00077616" target="_blank" >RIV/00159816:_____/22:00077616 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14310/22:00126373

  • Výsledek na webu

    <a href="https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacsau.2c00002" target="_blank" >https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacsau.2c00002</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jacsau.2c00002" target="_blank" >10.1021/jacsau.2c00002</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling

  • Popis výsledku v původním jazyce

    HaloTag labeling technology has introduced unrivaled potential in protein chemistry and molecular and cellular biology. A wide variety of ligands have been developed to meet the specific needs of diverse applications, but only a single protein tag, DhaAHT, is routinely used for their incorporation. Following a systematic kinetic and computational analysis of different reporters, a tetramethyirhodamine- and three 4-stilbazolium-based fluorescent ligands, we showed that the mechanism of incorporating different ligands depends both on the binding step and the efficiency of the chemical reaction. By studying the different haloalkane dehalogenases DhaA, LinB, and DmmA, we found that the architecture of the access tunnels is critical for the kinetics of both steps and the ligand specificity. We showed that highly efficient labeling with specific ligands is achievable with natural dehalogenases. We propose a simple protocol for selecting the optimal protein tag for a specific Iigand from the wide pool of available enzymes with diverse access tunnel architectures. The application of this protocol eliminates the need for expensive and laborious protein engineering.

  • Název v anglickém jazyce

    Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling

  • Popis výsledku anglicky

    HaloTag labeling technology has introduced unrivaled potential in protein chemistry and molecular and cellular biology. A wide variety of ligands have been developed to meet the specific needs of diverse applications, but only a single protein tag, DhaAHT, is routinely used for their incorporation. Following a systematic kinetic and computational analysis of different reporters, a tetramethyirhodamine- and three 4-stilbazolium-based fluorescent ligands, we showed that the mechanism of incorporating different ligands depends both on the binding step and the efficiency of the chemical reaction. By studying the different haloalkane dehalogenases DhaA, LinB, and DmmA, we found that the architecture of the access tunnels is critical for the kinetics of both steps and the ligand specificity. We showed that highly efficient labeling with specific ligands is achievable with natural dehalogenases. We propose a simple protocol for selecting the optimal protein tag for a specific Iigand from the wide pool of available enzymes with diverse access tunnel architectures. The application of this protocol eliminates the need for expensive and laborious protein engineering.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10400 - Chemical sciences

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    JACS AU

  • ISSN

    2691-3704

  • e-ISSN

    2691-3704

  • Svazek periodika

    2

  • Číslo periodika v rámci svazku

    6

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    14

  • Strana od-do

    1324-1337

  • Kód UT WoS článku

    000819388500001

  • EID výsledku v databázi Scopus