Using Prior Information from the Medical Literature in GWAS of Oral Cancer Identifies Novel Susceptibility Variant on Chromosome 4-the AdAPT Method
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11110%2F12%3A12007" target="_blank" >RIV/00216208:11110/12:12007 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61989592:15110/12:33139826 RIV/00209805:_____/12:#0000352
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0036888" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0036888</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Using Prior Information from the Medical Literature in GWAS of Oral Cancer Identifies Novel Susceptibility Variant on Chromosome 4-the AdAPT Method
Popis výsledku v původním jazyce
We developed a method that searches through PubMed abstracts for pre-assigned keywords and key concepts, and uses this information to assign prior probabilities of association for each single nucleotide polymorphism (SNP) with the phenotype of interest -the Adjusting Association Priors with Text (AdAPT) method. Association results from a GWAS can subsequently be ranked in the context of these priors using the Bayes False Discovery Probability (BFDP) framework. We initially tested AdAPT by comparing rankings of known susceptibility alleles in a previous lung cancer GWAS, and subsequently applied it in a two-phase GWAS of oral cancer.
Název v anglickém jazyce
Using Prior Information from the Medical Literature in GWAS of Oral Cancer Identifies Novel Susceptibility Variant on Chromosome 4-the AdAPT Method
Popis výsledku anglicky
We developed a method that searches through PubMed abstracts for pre-assigned keywords and key concepts, and uses this information to assign prior probabilities of association for each single nucleotide polymorphism (SNP) with the phenotype of interest -the Adjusting Association Priors with Text (AdAPT) method. Association results from a GWAS can subsequently be ranked in the context of these priors using the Bayes False Discovery Probability (BFDP) framework. We initially tested AdAPT by comparing rankings of known susceptibility alleles in a previous lung cancer GWAS, and subsequently applied it in a two-phase GWAS of oral cancer.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
—
Návaznosti
R - Projekt Ramcoveho programu EK
Ostatní
Rok uplatnění
2012
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLoS One
ISSN
1932-6203
e-ISSN
—
Svazek periodika
7
Číslo periodika v rámci svazku
5
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
1-10
Kód UT WoS článku
000305342300021
EID výsledku v databázi Scopus
—