Porovnání tradiční a komerční molekulárně-biologické detekce gastrointestinálních patogenů firmy AusDiagnostics ve FN Motol

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11130%2F19%3A10427410" target="_blank" >RIV/00216208:11130/19:10427410 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00064203:_____/19:10427410

Výsledek na webu

<a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=2FKbI6DrIA" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=2FKbI6DrIA</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Porovnání tradiční a komerční molekulárně-biologické detekce gastrointestinálních patogenů firmy AusDiagnostics ve FN Motol

Popis výsledku v původním jazyce

Cíl práce: Cílem bylo zmapování výskytu gastrointestinálních (GI) patogenů na Ústavu lékařské mikrobiologie (ÚLM) Fakultní nemocnice v Motole v letech 2014-2018 a otestování dvou komerčních multiplexních molekulárně-biologických panelů za účelem zkvalitnění a případně zlevnění rutinní diagnostiky. Materiál ametody: Pomocí laboratorního informačního systému (LIS) bylo identifikováno 45 888 vzorků testovaných v průběhu let 2014-2018 na přítomnost GI patogenů pomocí kultivačních, imunochromatografických, mikroskopických a molekulárně-biologických metod. Pomocí nové multiplexní molekulárně-biologické detekce bylo otestováno celkem 182 izolátů nukleových kyselin, získaných ze vzorků stolic pomocí soupravy Enteric Viru ses (8-well) (EVP - Virový panel) nebo soupravy Faecal Pathogens M (16-well) (FPM -Mikrobiální panel) od firmy AusDiagnostics. Výsledky: Z dat v LIS bylo identifikováno celkem 6,2 % pozitivních patogenů způsobujících průjem ze všech zaslaných materiálů (Záchytnost bakteriálních agens činila 4,5 %, virových 21,6 % a parazitárních 0,4 % ze vzorků vyšetřovaných v dané kategorii). Z validně vyšetřených vzorků pomocí molekulárně-biologické detekce (98,9 % všech testovaných) byl v sestupném pořadí detekován: toxin BC. difficile(19 %), Norovirus ( 9 %), Astrovirus (8 %), Campylobacter(7 %), Sapovirus (6 %), Yersinia enterocolitica(6 %), Rotavirus (4 %),Enterovirus (3 %), Aeromonas(3 %), Adenovirus (2 %) a Salmonella(1 %). U 27 % stolic Virového panelu a u 40 % stolic Mikrobiálního panelu byl zjištěn navíc alespoň 1 nový nález oproti stávajícímu vyšetřovacímu schématu. Zavedení zkoušené techniky do rutinního provozu podle kalkulací nepovede ke s nížení nákladů pracoviště. Závěr: Zavedením multiplexních molekulárně-biologických panelů pro stanovení GIT patogenů se významně zvýší záchyt patogenůi přes vyšší náklady ÚLM.

Název v anglickém jazyce

Comparing traditional and commercial molecular biology detection of gastrointestinal pathogens with AusDiagnostics panels in Motol University Hospital

Popis výsledku anglicky

BACKGROUND: The aim was to do an internal audit of gastrointestinal pathogen detection at the Department of Medical Microbiology, Motol University Hospital between the years 2014 and 2018 and to test two commercial multiplex molecular biology assays potentially improving the diagnostic process and reducing costs. MATERIAL AND METHODS: Based on data from a laboratory information system (LIS), a total of 45,888 samples were identified which had been tested for the presence of gastrointestinal pathogens using culture, immunochromatographic, microscopic and molecular biology techniques between 2014-2018. Novel multiplex molecular biology detection was used to test 182 nucleic acid isolates obtained from stool samples with the Enteric Viruses (8-well) assay (Viral Panel, EVP) or Faecal Pathogens M (16-well) assay (Microbial Panel, FPM) manufactured by AusDiagnostics. RESULTS: The LIS data showed 6.2 % of positive pathogens causing diarrhea from all tested samples (detection rates: 4.5 % for bacterial agents, 21.6 % for viral agents and 0.4 % for parasitic agents). Valid samples (98.9 % of all tested samples) tested by the molecular biology technique yielded, in descending order: C. difficile toxin B (19 %), norovirus (9 %), astrovirus (8 %), Campylobacter (7 %), sapovirus (6 %), Yersinia enterocolitica (6 %), rotavirus (4 %), enterovirus (3 %), Aeromonas (3 %), adenovirus (2 %) and Salmonella (1 %). There was found at least 1 additional new positive detection in 27 % of stools tested by the Viral Panel and in 40 % of stools tested by the Microbial Panel in comparison with the traditional approach. Introducing the panels into routine diagnostic practice will not reduce the costs. CONCLUSIONS: The introduction of novel multiplex molecular biology assays for detecting gastrointestinal pathogens will considerably increase pathogen detection rates even though the costs will be higher for the Department of Medical Microbiology.

Druh

J_SC - Článek v periodiku v databázi SCOPUS

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Klinická mikrobiologie a infekční lékařství

ISSN

1211-264X

e-ISSN

—

Svazek periodika

25

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

132-139

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85083871958