Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Easy, Robust, and Repeatable Online Acid Cleavage of Proteins in Mobile Phase for Fast Quantitative LC-MS Bottom-Up Protein Analysis - Application for Ricin Detection

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11160%2F23%3A10471312" target="_blank" >RIV/00216208:11160/23:10471312 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/62690094:18470/23:50020785

  • Výsledek na webu

    <a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=dJm2UVtKLQ" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=dJm2UVtKLQ</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.3c01772" target="_blank" >10.1021/acs.analchem.3c01772</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Easy, Robust, and Repeatable Online Acid Cleavage of Proteins in Mobile Phase for Fast Quantitative LC-MS Bottom-Up Protein Analysis - Application for Ricin Detection

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Sample preparation involving the cleavage of proteins into peptides is the first critical step for successful bottom-up proteomics and protein analyses. Time- and labor-intensiveness are among the bottlenecks of the commonly used methods for protein sample preparation. Here, we report a fast online method for postinjection acid cleavage of proteins directly in the mobile phase typically used for LC-MS analyses in proteomics. The chemical cleavage is achieved in 0.1% formic acid within 35 s in a capillary heated to 195 deg C installed upstream of the analytical column, enabling the generated peptides to be separated. The peptides generated by the optimized method covered the entire sequence except for one amino acid of trastuzumab used for the method development. The qualitative results are extraordinarily stable, even over a long period of time. Moreover, the method is also suitable for accurate and repeatable quantification. The procedure requires only one manual step, significantly decreasing sample transfer losses. To demonstrate its practical utility, we tested the method for the fast detection of ricin. Ricin can be unambiguously identified from an injection of 10 ng, and the results can be obtained within 7-8 min after receiving a suspicious sample. Because no sophisticated accessories and no additional reagents are needed, the method can be seamlessly transferred to any laboratory for high-throughput proteomic workflows.

  • Název v anglickém jazyce

    Easy, Robust, and Repeatable Online Acid Cleavage of Proteins in Mobile Phase for Fast Quantitative LC-MS Bottom-Up Protein Analysis - Application for Ricin Detection

  • Popis výsledku anglicky

    Sample preparation involving the cleavage of proteins into peptides is the first critical step for successful bottom-up proteomics and protein analyses. Time- and labor-intensiveness are among the bottlenecks of the commonly used methods for protein sample preparation. Here, we report a fast online method for postinjection acid cleavage of proteins directly in the mobile phase typically used for LC-MS analyses in proteomics. The chemical cleavage is achieved in 0.1% formic acid within 35 s in a capillary heated to 195 deg C installed upstream of the analytical column, enabling the generated peptides to be separated. The peptides generated by the optimized method covered the entire sequence except for one amino acid of trastuzumab used for the method development. The qualitative results are extraordinarily stable, even over a long period of time. Moreover, the method is also suitable for accurate and repeatable quantification. The procedure requires only one manual step, significantly decreasing sample transfer losses. To demonstrate its practical utility, we tested the method for the fast detection of ricin. Ricin can be unambiguously identified from an injection of 10 ng, and the results can be obtained within 7-8 min after receiving a suspicious sample. Because no sophisticated accessories and no additional reagents are needed, the method can be seamlessly transferred to any laboratory for high-throughput proteomic workflows.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    30104 - Pharmacology and pharmacy

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2023

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Analytical Chemistry

  • ISSN

    0003-2700

  • e-ISSN

    1520-6882

  • Svazek periodika

    95

  • Číslo periodika v rámci svazku

    33

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    12339-12348

  • Kód UT WoS článku

    001048162800001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85169042177