ExOrthist: a tool to infer exon orthologies at any evolutionary distance

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11310%2F21%3A10439465" target="_blank" >RIV/00216208:11310/21:10439465 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=dYFeoEbvXK" target="_blank" >https://verso.is.cuni.cz/pub/verso.fpl?fname=obd_publikace_handle&handle=dYFeoEbvXK</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1186/s13059-021-02441-9" target="_blank" >10.1186/s13059-021-02441-9</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

ExOrthist: a tool to infer exon orthologies at any evolutionary distance

Popis výsledku v původním jazyce

Several bioinformatic tools have been developed for genome-wide identification of orthologous and paralogous genes. However, no corresponding tool allows the detection of exon homology relationships. Here, we present ExOrthist, a fully reproducible Nextflow-based software enabling inference of exon homologs and orthogroups, visualization of evolution of exon-intron structures, and assessment of conservation of alternative splicing patterns. ExOrthist evaluates exon sequence conservation and considers the surrounding exon-intron context to derive genome-wide multi-species exon homologies at any evolutionary distance. We demonstrate its use in different evolutionary scenarios: whole genome duplication in frogs and convergence of Nova-regulated splicing networks (https://github.com/biocorecrg/ ExOrthist).

Název v anglickém jazyce

ExOrthist: a tool to infer exon orthologies at any evolutionary distance

Popis výsledku anglicky

Several bioinformatic tools have been developed for genome-wide identification of orthologous and paralogous genes. However, no corresponding tool allows the detection of exon homology relationships. Here, we present ExOrthist, a fully reproducible Nextflow-based software enabling inference of exon homologs and orthogroups, visualization of evolution of exon-intron structures, and assessment of conservation of alternative splicing patterns. ExOrthist evaluates exon sequence conservation and considers the surrounding exon-intron context to derive genome-wide multi-species exon homologies at any evolutionary distance. We demonstrate its use in different evolutionary scenarios: whole genome duplication in frogs and convergence of Nova-regulated splicing networks (https://github.com/biocorecrg/ ExOrthist).

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10613 - Zoology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Genome Biology

ISSN

1474-7596

e-ISSN

—

Svazek periodika

22

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

23

Strana od-do

239

Kód UT WoS článku

000687177500002

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85113144498