SProt - From Local to Global Protein Structure Similarity

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F10%3A10038286" target="_blank" >RIV/00216208:11320/10:10038286 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

SProt - From Local to Global Protein Structure Similarity

Popis výsledku v původním jazyce

Similarity search in protein databases is one of the most essential issues in proteomics. With the growing number of experimentally solved protein structures, the focus shifted from sequence to structure. The area of structure similarity forms a big challenge since even no standard definition of optimal similarity exists in the field. In this paper, we propose a protein structure similarity method called SProt. SProt concentrates on high-quality modeling of local similarity in the process of feature extraction. SProt's features are based on spherical spatial neighborhood where similarity can be well defined. On top of the partial local similarities, global measure assessing similarity to a pair of protein structures is built. SProt outperforms other methods in classification accuracy, while it is at least comparable to the best existing solutions in terms of precision-recall or quality of alignment.

Název v anglickém jazyce

SProt - From Local to Global Protein Structure Similarity

Popis výsledku anglicky

Similarity search in protein databases is one of the most essential issues in proteomics. With the growing number of experimentally solved protein structures, the focus shifted from sequence to structure. The area of structure similarity forms a big challenge since even no standard definition of optimal similarity exists in the field. In this paper, we propose a protein structure similarity method called SProt. SProt concentrates on high-quality modeling of local similarity in the process of feature extraction. SProt's features are based on spherical spatial neighborhood where similarity can be well defined. On top of the partial local similarities, global measure assessing similarity to a pair of protein structures is built. SProt outperforms other methods in classification accuracy, while it is at least comparable to the best existing solutions in terms of precision-recall or quality of alignment.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GA201%2F09%2F0683" target="_blank" >GA201/09/0683: Vyhledávání v rozsáhlých multimediálních databázích</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

2010 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshop

ISBN

978-1-4244-8302-0

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

—

Název nakladatele

IEEE

Místo vydání

Neuveden

Místo konání akce

Hong Kong, China

Datum konání akce

18. 12. 2010

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—