Reaction Mechanism of Ru(II) Piano-Stool Complexes: Umbrella Sampling QM/MM MD Study
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F14%3A10286196" target="_blank" >RIV/00216208:11320/14:10286196 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23639" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23639</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23639" target="_blank" >10.1002/jcc.23639</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Reaction Mechanism of Ru(II) Piano-Stool Complexes: Umbrella Sampling QM/MM MD Study
Popis výsledku v původním jazyce
Biologically relevant interactions of piano-stool ruthenium(II) complexes with ds-DNA are studied in this article by hybrid quantum mechanics-molecular mechanics (QM/MM) computational technique. The whole reaction mechanism is divided into three phases:(i) hydration of the [Ru-II(H-6 -benzene)(en) Cl](+) complex, (ii) monoadduct formation between the resulting aqua-Ru(II) complex and N7 position of one of the guanines in the ds-DNA oligomer, and (iii) formation of the intrastrand Ru(II) bridge (cross-link) between two adjacent guanines. Free energy profiles of all the reactions are explored by QM/MM MD umbrella sampling approach where the Ru(II) complex and two guanines represent a quantum core, which is described by density functional theory methods.The combined QM/MM scheme is realized by our own software, which was developed to couple several quantum chemical programs (in this study Gaussian 09) and Amber 11 package. Calculated free energy barriers of the both ruthenium hydration
Název v anglickém jazyce
Reaction Mechanism of Ru(II) Piano-Stool Complexes: Umbrella Sampling QM/MM MD Study
Popis výsledku anglicky
Biologically relevant interactions of piano-stool ruthenium(II) complexes with ds-DNA are studied in this article by hybrid quantum mechanics-molecular mechanics (QM/MM) computational technique. The whole reaction mechanism is divided into three phases:(i) hydration of the [Ru-II(H-6 -benzene)(en) Cl](+) complex, (ii) monoadduct formation between the resulting aqua-Ru(II) complex and N7 position of one of the guanines in the ds-DNA oligomer, and (iii) formation of the intrastrand Ru(II) bridge (cross-link) between two adjacent guanines. Free energy profiles of all the reactions are explored by QM/MM MD umbrella sampling approach where the Ru(II) complex and two guanines represent a quantum core, which is described by density functional theory methods.The combined QM/MM scheme is realized by our own software, which was developed to couple several quantum chemical programs (in this study Gaussian 09) and Amber 11 package. Calculated free energy barriers of the both ruthenium hydration
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
BJ - Termodynamika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GAP208%2F12%2F0622" target="_blank" >GAP208/12/0622: Interakce organokovových protinádorových komplexů s nukleovými kyselinami a proteiny: studium sekvenční a substrátové selektivity</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Computational Chemistry
ISSN
0192-8651
e-ISSN
—
Svazek periodika
35
Číslo periodika v rámci svazku
19
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
1446-1456
Kód UT WoS článku
000337641400005
EID výsledku v databázi Scopus
—