Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F05%3A00013198" target="_blank" >RIV/00216224:14110/05:00013198 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu
Popis výsledku v původním jazyce
Spirocheta Treponema pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis, vysoce invazivního onemocnění postihujícího v pozdním stadiu systémově celý organismus. Malá velikost genomu (1,14 Mb) tohoto patogenu koreluje s jeho obligátní závislostí na hostiteli. Jednotlivé kmeny a izoláty nelze od sebe běžně užívanými serologickými testy odlišit. Jisté typizace bylo dosaženo na úrovni detekce DNA, zejména sekvencí tpr genů. Naším cílem bylo sekvenovat genom Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 a získanou kompletní genomovou sekvenci srovnat s genomovou sekvencí kmene Nichols a použít výsledky pro definování vnitrodruhové variability genomu T. pallidum subsp. pallidum.Výsledné sekvence ukázaly shluky SNP a krátké delece a inzerce. Celkem bylo v genomu kmene SS14 nalezeno 329 SNP, 7 delecí a 4 inzerce.
Název v anglickém jazyce
Genome hybridizations of T. pallidum strains Nichols and SS14 on the oligonucleotide array
Popis výsledku anglicky
The genome of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14, the causative agent of syphilis, was sequenced using oligonucleotide arrays. The sequences of more than 49 kb of the SS14 genome were verified by capillary sequencing approach. When compared toT. pallidum ssp. pallidum strain Nichols, the genome of SS14 contained 329 single nucleotide changes (219 transitions and 104 transversions), 7 deletions and 4 insertions.
Klasifikace
Druh
O - Ostatní výsledky
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2005
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů