Whole Genome Sequence of the Treponema Fribourg-Blanc: Unspecified Simian Isolate Is Highly Similar to the Yaws Subspecies
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F13%3A00065612" target="_blank" >RIV/00216224:14110/13:00065612 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pntd.0002172" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pntd.0002172</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pntd.0002172" target="_blank" >10.1371/journal.pntd.0002172</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Whole Genome Sequence of the Treponema Fribourg-Blanc: Unspecified Simian Isolate Is Highly Similar to the Yaws Subspecies
Popis výsledku v původním jazyce
Background: Unclassified simian strain Treponema Fribourg-Blanc was isolated in 1966 from baboons (Papio cynocephalus)in West Africa. This strain was morphologically indistinguishable from T. pallidum ssp. pallidum or ssp. pertenue strains, and it was shown to cause human infections. Methodology/Principal Findings: To precisely define genetic differences between Treponema Fribourg-Blanc (unclassified simian isolate, FB) and T. pallidum ssp. pertenue strains (TPE), a high quality sequence of the whole Fribourg-Blanc genome was determined with 454-pyrosequencing and Illumina sequencing platforms. Combined average coverage of both methods was greater than 5006. Restriction target sites (n = 1,773), identified in silico, of selected restriction enzymes within the Fribourg-Blanc genome were verified experimentally and no discrepancies were found. When compared to the other three sequenced TPE genomes (Samoa D, CDC-2, Gauthier), no major genome rearrangements were found.
Název v anglickém jazyce
Whole Genome Sequence of the Treponema Fribourg-Blanc: Unspecified Simian Isolate Is Highly Similar to the Yaws Subspecies
Popis výsledku anglicky
Background: Unclassified simian strain Treponema Fribourg-Blanc was isolated in 1966 from baboons (Papio cynocephalus)in West Africa. This strain was morphologically indistinguishable from T. pallidum ssp. pallidum or ssp. pertenue strains, and it was shown to cause human infections. Methodology/Principal Findings: To precisely define genetic differences between Treponema Fribourg-Blanc (unclassified simian isolate, FB) and T. pallidum ssp. pertenue strains (TPE), a high quality sequence of the whole Fribourg-Blanc genome was determined with 454-pyrosequencing and Illumina sequencing platforms. Combined average coverage of both methods was greater than 5006. Restriction target sites (n = 1,773), identified in silico, of selected restriction enzymes within the Fribourg-Blanc genome were verified experimentally and no discrepancies were found. When compared to the other three sequenced TPE genomes (Samoa D, CDC-2, Gauthier), no major genome rearrangements were found.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EE - Mikrobiologie, virologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLOS Neglected Tropical Diseases
ISSN
1935-2735
e-ISSN
—
Svazek periodika
7
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
8
Strana od-do
1-8
Kód UT WoS článku
000318153100026
EID výsledku v databázi Scopus
—