Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F18%3A00101362" target="_blank" >RIV/00216224:14110/18:00101362 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Využití systému SNaPshot pro identifikaci vybraných jednonukleotidových polymorfizmů v genu kódujícím lektin vázající manózu (MBL)

Popis výsledku v původním jazyce

Systém SNaPshot zahrnující několik metodických postupů (PCR, minisekvenační metoda prodloužení jedné báze - SBE, kapilární elektroforéza) je často využíván pro různé aplikace, jako jsou analýza jednonukleotidových polymorfizmů (SNP), metylační analýza nebo fingerprinting. Jedna SNaPshot assay umožňuje identifikovat až 55 SNPs napříč celým genomem. Lidský lektin vázající manózu (MBL) je jedním z mediátorů aktivace komplementu lektinovou cestou, a je tak součástí vrozené imunity. Kombinace alel genu mbl2 determinuje jeho stabilitu, oligomerní stav, schopnost vázat cukerné ligandy, interakci se serinovou proteázou MASP2 a koncentraci v cirkulaci, a to pravděpodobně ovlivňuje náchylnost k různým onemocněním i jejich progresi. Cílem naší studie je navrhnout a optimalizovat techniku využívající SNaPshot assay pro stanovení šesti SNPs v genu mbl2. Jedná se o tři SNPs v exonu 1 na pozicích 52, 54 a 57 (alely D, B a C), o dva SNPs v promotoru 1 na pozicích 550 (varianty H/L) a 221 (varianty X/Y) a o jeden SNP na pozici +4 v 5‘ nepřekládané oblasti (varianty P/Q). Výsledkem této studie bude zavedení originální metodiky, kterou porovnáme s jinými přístupy (sekvenační analýza, PCR s následnou restrikční analýzou). Bude hodnocena korelace koncentrace MBL v séru celkově zdravých osob v závislosti na jejich mbl2 genovém profilu. Technika SNaPshot bude dále využita pro genotypizaci pacientů s vybranými onemocněními dutiny ústní (recidivující aftózní stomatitida, parodontitida, zubní kaz aj.) a zdravých kontrol k hlubšímu pochopení role MBL v patogenezi těchto onemocnění.

Název v anglickém jazyce

Using the SNaPshot system for identifying selected single nucleotide polymorphisms in a gene encoding mannose-binding lectin (MBL)

Popis výsledku anglicky

The SNaPshot system, which includes several methodologies (PCR, single-base extension reaction - SBE, capillary electrophoresis), is often used for various applications, such as analysis of single-nucleotide polymorphisms (SNP), methylation analysis or fingerprinting. One SNaPshot assay allows to identify up to 55 SNPs across the entire genome. Human mannose-binding lectin (MBL) is one of the mediators of complement activation via the lectin pathway, and therefore it is a component of innate immunity. The combination of alleles of the mbl2 gene determines stability, oligomeric state, ability to bind sugar ligands, interaction with MASP2 serine protease and concentration in circulation of the protein, and these manifestations probably affect susceptibility to and progression of various diseases. The aim of our study is to design and optimize the SNaPshot assay technique for the determination of six SNPs in the mbl2 gene. These are three SNPs in exon 1 at positions 52, 54 and 57 (alleles D, B and C), two SNPs in the promoter 1 at positions 550 (H / L variants) and 221 (X / Y variants) and one SNP at +4 position in the 5 'untranslated region (P / Q variants). The result of this study will be the introduction of the original methodology, which will be compared with other methods (sequencing analysis, PCR with subsequent restriction analysis). The correlation of MBL in serum of healthy subjects will be evaluated, depending on their mbl2 gene profile. The SNaPshot technique will further be used to genotypise patients with selected oral cavity diseases (recurrent aphthous stomatitis, periodontitis, dental caries, etc.) and healthy controls to deeper understanding of the role of MBL in the pathogenesis of these diseases.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

10608 - Biochemistry and molecular biology

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů