A DFT Analysis of NMR Scalar Interactions Across the Glycosidic Bond in DNA
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F03%3A00008630" target="_blank" >RIV/00216224:14310/03:00008630 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
A DFT Analysis of NMR Scalar Interactions Across the Glycosidic Bond in DNA
Popis výsledku v původním jazyce
Abstract. The relationship between the glycosidic torsion angle c, the three-bond couplings 3JC2/4-H1' and 3JC6/8-H1', and the one-bond coupling 1JC1'-H1' in deoxyribonucleosides and a number of uracil cyclo-nucleosides has been analyzed using density functional theory. The influence of the sugar pucker and the hydroxymethyl conformation has also been considered. The parameters of the Karplus relationships between the three-bond couplings and c depend strongly on the aromatic base. 3JC2/4-H1' reveals different behavior for deoxyadenosine, deoxyguanosine, and deoxycytidine as compared to deoxythymidine and deoxyuridine. In the case of 3JC6/8-H1', an opposite trans to cis ratio of couplings is obtained for pyrimidine nucleosides in contrast to purine nucleosides. The extremes of the Karplus curves are shifted by ca. 10o with respect to syn and anti-periplanar orientations of the coupled nuclei. The change in the sugar pucker from S to N decreases 3JC2/4-H1' and 3JC6/8-H1' while increasin
Název v anglickém jazyce
A DFT Analysis of NMR Scalar Interactions Across the Glycosidic Bond in DNA
Popis výsledku anglicky
Abstract. The relationship between the glycosidic torsion angle c, the three-bond couplings 3JC2/4-H1' and 3JC6/8-H1', and the one-bond coupling 1JC1'-H1' in deoxyribonucleosides and a number of uracil cyclo-nucleosides has been analyzed using density functional theory. The influence of the sugar pucker and the hydroxymethyl conformation has also been considered. The parameters of the Karplus relationships between the three-bond couplings and c depend strongly on the aromatic base. 3JC2/4-H1' reveals different behavior for deoxyadenosine, deoxyguanosine, and deoxycytidine as compared to deoxythymidine and deoxyuridine. In the case of 3JC6/8-H1', an opposite trans to cis ratio of couplings is obtained for pyrimidine nucleosides in contrast to purine nucleosides. The extremes of the Karplus curves are shifted by ca. 10o with respect to syn and anti-periplanar orientations of the coupled nuclei. The change in the sugar pucker from S to N decreases 3JC2/4-H1' and 3JC6/8-H1' while increasin
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LN00A016" target="_blank" >LN00A016: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2003
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of the American Chemical Society
ISSN
0002-7863
e-ISSN
—
Svazek periodika
125
Číslo periodika v rámci svazku
12
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
3649
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—