Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops:Advances and force field limitations

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F03%3A00009338" target="_blank" >RIV/00216224:14310/03:00009338 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/04:00104620 RIV/00216224:14310/04:00010228

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops:Advances and force field limitations

Popis výsledku v původním jazyce

A computational analysis of d(GGGGTTTTGGGG)2 guanine quadruplexes containing both lateral and diagonal four-thymidine loops was carried out using Molecular Dynamics (MD) simulations in explicit solvent, Locally Enhanced Sampling (LES) simulations, systematic conformational search, and free energy Molecular Mechanics, Poisson Boltzmann, Surface Area calculations with explicit inclusion of structural monovalent cations. The study provides, within the approximations of the applied all-atom additive force field, a qualitatively complete analysis of the available loop conformational space. The results are independent of the starting structures. Major conformational transitions not seen in conventional MD simulations are observed when LES is applied. The favored LES structures consistently provide lower free energies (as estimated by MM-PBSA) than other structures. Unfortunately, the predicted optimal structure for the diagonal loop arrangement differs substantially from the atomic resolutio

Název v anglickém jazyce

Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops:Advances and force field limitations

Popis výsledku anglicky

A computational analysis of d(GGGGTTTTGGGG)2 guanine quadruplexes containing both lateral and diagonal four-thymidine loops was carried out using Molecular Dynamics (MD) simulations in explicit solvent, Locally Enhanced Sampling (LES) simulations, systematic conformational search, and free energy Molecular Mechanics, Poisson Boltzmann, Surface Area calculations with explicit inclusion of structural monovalent cations. The study provides, within the approximations of the applied all-atom additive force field, a qualitatively complete analysis of the available loop conformational space. The results are independent of the starting structures. Major conformational transitions not seen in conventional MD simulations are observed when LES is applied. The favored LES structures consistently provide lower free energies (as estimated by MM-PBSA) than other structures. Unfortunately, the predicted optimal structure for the diagonal loop arrangement differs substantially from the atomic resolutio

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LN00A016" target="_blank" >LN00A016: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2004

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Biophysical Journal

ISSN

0006-3495

e-ISSN

—

Svazek periodika

2003

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

20

Strana od-do

1-20

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—