Ribozomalny RNA Kink-turn motiv - flexibilny molekulovy pant
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F04%3A00010224" target="_blank" >RIV/00216224:14310/04:00010224 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/04:00104625
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Ribosomal RNA Kink-turn Motif - A Flexible Molecular Hinge
Popis výsledku v původním jazyce
Ribosomal RNA K-turn motifs are asymmetric internal loops characterized by a sharp bend in the phosphodiester backbone resulting in V shaped structures, recurrently observed in ribosomes and showing a high degree of sequence conservation. We have carriedout extended explicit solvent molecular dynamics simulations of selected K-turns, in order to investigate their intrinsic structural and dynamical properties. The simulations reveal an unprecedented dynamical flexibility of the K-turns around their X-ray geometries. The K-turns sample,on the nanosecond timescale, different conformational substates. The overall behavior of the simulations suggests that the sampled geometries are essentially isoenergetic and separated by minimal energy barriers. The nanosecond dynamics of isolated K-turns can be qualitatively considered as motion of two rigid helix stems controlled by a very flexible internal loop which then leads to substantial hinge-like motions between the two stems. This internal dyn
Název v anglickém jazyce
Ribosomal RNA Kink-turn Motif - A Flexible Molecular Hinge
Popis výsledku anglicky
Ribosomal RNA K-turn motifs are asymmetric internal loops characterized by a sharp bend in the phosphodiester backbone resulting in V shaped structures, recurrently observed in ribosomes and showing a high degree of sequence conservation. We have carriedout extended explicit solvent molecular dynamics simulations of selected K-turns, in order to investigate their intrinsic structural and dynamical properties. The simulations reveal an unprecedented dynamical flexibility of the K-turns around their X-ray geometries. The K-turns sample,on the nanosecond timescale, different conformational substates. The overall behavior of the simulations suggests that the sampled geometries are essentially isoenergetic and separated by minimal energy barriers. The nanosecond dynamics of isolated K-turns can be qualitatively considered as motion of two rigid helix stems controlled by a very flexible internal loop which then leads to substantial hinge-like motions between the two stems. This internal dyn
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LN00A016" target="_blank" >LN00A016: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2004
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Biomolecular Structure & Dynamics
ISSN
0739-1102
e-ISSN
—
Svazek periodika
22
Číslo periodika v rámci svazku
2
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
183-193
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—