Pantove pohyby RNA Kink-turn motivov

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F04%3A00010307" target="_blank" >RIV/00216224:14310/04:00010307 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Hinge-like motions in RNA kink-turn motifs

Popis výsledku v původním jazyce

Molecular dynamics (MD) simulations of Kink-turn (K-turn) RNA motifs reveal hinge-like motions on the nano-second (ns) timescale. K-turn motifs are asymmetric internal loops found at conserved positions in the 16S and 23S ribosomal RNAs, and characterized by sharp bends in both phosphodiester backbones producing V-shaped structures. The bend is stabilized by non-Watson-Crick basepairs involving the minor (shallow) grooves of the helices. We have carried out a set of explicit-solvent MD simulations for selected K-turn motifs from 23S ribosomal RNA, Kt-38 (located at the base of the A-site finger), Kt-42 (located at the base of the L7/L12 stalk in the factor-binding site) and Kt-58 (located in Domain III). On a nano-second timescale, K-turns sample isoenergetic conformational substates. The simulations reveal the presence of long-residency sites for water, one of which is located close to the sharp turn of the phosphodiester backbones and, when occupied, mediates minor-groove interaction

Název v anglickém jazyce

Hinge-like motions in RNA kink-turn motifs

Popis výsledku anglicky

Molecular dynamics (MD) simulations of Kink-turn (K-turn) RNA motifs reveal hinge-like motions on the nano-second (ns) timescale. K-turn motifs are asymmetric internal loops found at conserved positions in the 16S and 23S ribosomal RNAs, and characterized by sharp bends in both phosphodiester backbones producing V-shaped structures. The bend is stabilized by non-Watson-Crick basepairs involving the minor (shallow) grooves of the helices. We have carried out a set of explicit-solvent MD simulations for selected K-turn motifs from 23S ribosomal RNA, Kt-38 (located at the base of the A-site finger), Kt-42 (located at the base of the L7/L12 stalk in the factor-binding site) and Kt-58 (located in Domain III). On a nano-second timescale, K-turns sample isoenergetic conformational substates. The simulations reveal the presence of long-residency sites for water, one of which is located close to the sharp turn of the phosphodiester backbones and, when occupied, mediates minor-groove interaction

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LN00A016" target="_blank" >LN00A016: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2004

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Modelling and Design of Molecular Materials, Program-Book of Abstract

ISBN

—

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

1

Strana od-do

—

Název nakladatele

University of Wroclav

Místo vydání

Wroclaw

Místo konání akce

Wroclaw

Datum konání akce

1. 1. 2004

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—