Studying the binding properties of BclA lectin - experiment and modeling
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F08%3A00024972" target="_blank" >RIV/00216224:14310/08:00024972 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Studying the binding properties of BclA lectin - experiment and modeling
Popis výsledku v původním jazyce
Burkholderia cenocepacia is a ubiquitous bacterium that can act as opportunistic human pathogen, responsible for lethal complications in cystic fibrosis patients. The genome of the bacterium contains several lectin- like sequences that are related to previously characterized fucose-preferring lectin PAIIL from Pseudomonas aeruginosa . BclA is a lectin from B.cenocepacia that shares the unique sugar binding mode common to PAIIL family lectins. Molecular docking was performed using the AUTODOCK and DOCK software. The AMBER package was used for molecular dynamics simulations. Enzyme linked lectin assay, surface plasmon resonance and isothermal titration calorimetry was used to determine the binding properties experimentally.Experiments determined that BclA prefers mannose to fucose as the binding partner. Despite the sequence similarity, BclA adopts dimeric form, as opposed to tetrameric PAIIL, possible consequence of the presence of an extra loop. Docking experiments combined with molecu
Název v anglickém jazyce
Studying the binding properties of BclA lectin - experiment and modeling
Popis výsledku anglicky
Burkholderia cenocepacia is a ubiquitous bacterium that can act as opportunistic human pathogen, responsible for lethal complications in cystic fibrosis patients. The genome of the bacterium contains several lectin- like sequences that are related to previously characterized fucose-preferring lectin PAIIL from Pseudomonas aeruginosa . BclA is a lectin from B.cenocepacia that shares the unique sugar binding mode common to PAIIL family lectins. Molecular docking was performed using the AUTODOCK and DOCK software. The AMBER package was used for molecular dynamics simulations. Enzyme linked lectin assay, surface plasmon resonance and isothermal titration calorimetry was used to determine the binding properties experimentally.Experiments determined that BclA prefers mannose to fucose as the binding partner. Despite the sequence similarity, BclA adopts dimeric form, as opposed to tetrameric PAIIL, possible consequence of the presence of an extra loop. Docking experiments combined with molecu
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA303%2F06%2F0570" target="_blank" >GA303/06/0570: Strukturně-funkční studie lektinů a adhezinů patogenních mikroorganismů</a><br>
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2008
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
FEBS Journal
ISBN
—
ISSN
1742-464X
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
1
Strana od-do
—
Název nakladatele
BLACKWELL PUBLISHING
Místo vydání
OXFORD
Místo konání akce
Athens
Datum konání akce
1. 1. 2008
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
000256633300472