Effects of Restrained Sampling Space and Nonplanar Amino Groups on Free-Energy Predictions for RNA with Imino and Sheared Tandem GA Base Pairs Flanked by GC, CG, iGiC or iCIG Base Pairs

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F09%3A00038051" target="_blank" >RIV/00216224:14310/09:00038051 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/09:00328538

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Effects of Restrained Sampling Space and Nonplanar Amino Groups on Free-Energy Predictions for RNA with Imino and Sheared Tandem GA Base Pairs Flanked by GC, CG, iGiC or iCIG Base Pairs

Popis výsledku v původním jazyce

Guanine-adenine (GA) base pairs play important roles in determining the structure, dynamics, and stability of RNA. Calculations reported here test the thermodynamic integration (TI) approach with the amber99 force field by comparing computational predictions of free energy differences with the free energy differences expected on the basis of NMR determined structures of the RNA motifs.

Název v anglickém jazyce

Effects of Restrained Sampling Space and Nonplanar Amino Groups on Free-Energy Predictions for RNA with Imino and Sheared Tandem GA Base Pairs Flanked by GC, CG, iGiC or iCIG Base Pairs

Popis výsledku anglicky

Guanine-adenine (GA) base pairs play important roles in determining the structure, dynamics, and stability of RNA. Calculations reported here test the thermodynamic integration (TI) approach with the amber99 force field by comparing computational predictions of free energy differences with the free energy differences expected on the basis of NMR determined structures of the RNA motifs.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

BO - Biofyzika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

5

Číslo periodika v rámci svazku

8

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

13

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000268720100013

EID výsledku v databázi Scopus

—