Structure, diversity and evolutionary patterns of expressed MHC class IIB genes in chub (Squalius cephalus), a cyprinid fish species from Europe
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F11%3A00049665" target="_blank" >RIV/00216224:14310/11:00049665 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/s00251-010-0495-3" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/s00251-010-0495-3</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/s00251-010-0495-3" target="_blank" >10.1007/s00251-010-0495-3</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Structure, diversity and evolutionary patterns of expressed MHC class IIB genes in chub (Squalius cephalus), a cyprinid fish species from Europe
Popis výsledku v původním jazyce
The polymorphism of exon 2 of the DAB genes (MHC class IIB) was investigated in the freshwater cyprinid fish species, Squalius cephalus in the wide range of its distribution in Europe. We identified 111 different DAB variants in 15 chub populations. Thesequence analysis showed that many structurally important amino acid sites that were conserved among tetrapods were also conserved in chub. The analysis of recombination indicated that it does not play an important role in producing and maintaining the variation of DAB genes analyzed in the present study. The exon 2 was shown to be subjected to intense positive selection. Phylogenetic analysis and sequence identities suggest the presence of two class IIB loci in chub. A contrasting selection pattern wasfound in DAB1-like and DAB3-like genes, which suggests the potential functional differences between these genes.
Název v anglickém jazyce
Structure, diversity and evolutionary patterns of expressed MHC class IIB genes in chub (Squalius cephalus), a cyprinid fish species from Europe
Popis výsledku anglicky
The polymorphism of exon 2 of the DAB genes (MHC class IIB) was investigated in the freshwater cyprinid fish species, Squalius cephalus in the wide range of its distribution in Europe. We identified 111 different DAB variants in 15 chub populations. Thesequence analysis showed that many structurally important amino acid sites that were conserved among tetrapods were also conserved in chub. The analysis of recombination indicated that it does not play an important role in producing and maintaining the variation of DAB genes analyzed in the present study. The exon 2 was shown to be subjected to intense positive selection. Phylogenetic analysis and sequence identities suggest the presence of two class IIB loci in chub. A contrasting selection pattern wasfound in DAB1-like and DAB3-like genes, which suggests the potential functional differences between these genes.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EC - Imunologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Immunogenetics
ISSN
0093-7711
e-ISSN
—
Svazek periodika
63
Číslo periodika v rámci svazku
3
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
15
Strana od-do
167-181
Kód UT WoS článku
000287148700004
EID výsledku v databázi Scopus
—