Využití DNA čipové technologie ve výzkumu genetické podmíněnosti schizofrenie
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F13%3A00066097" target="_blank" >RIV/00216224:14310/13:00066097 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Využití DNA čipové technologie ve výzkumu genetické podmíněnosti schizofrenie
Popis výsledku v původním jazyce
Rychlý rozvoj technik využívajících DNA čipy umožnil v posledních době provádění genotypizace velkého množství jednobodových polymorfismů (SNPs) v rámci GWAS (genome-wide association studies). V rámci naší studie, zabývající se analýzou SNPs asociovanýchs rizikem vzniku schizofrenie, jsme provedli návrh DNA čipu pro analýzu 96 SNPs pomocí metody GoldenGate na přístroji BeadExpress reader (Illumina). Při výběru byly zohledněny výsledky posledních GWAS (Genome Wide Association Studies) studií s našimi předchozími výsledky. Celkem bylo analyzováno 405 vzorků pacientů a kontrol mužského pohlaví. Průměrná call rate u vzorků byla 98%, kdy do následné statistické analýzy byly použity pouze vzorky s call rate vyšší než 90%. Po analýze výsledků pomocí Fisherova dvoustranného testu a Bonferroniho korekci bylo nalezeno šest polymorfismů (rs6595788, rs28705343, rs3737967, rs77692880, rs9960767 a rs6104567) signifikantně asociovaných s rizikem vzniku schizofrenie (p < 0.05).
Název v anglickém jazyce
The use of DNA microarray technology in research of genetic cause of schizophrenia
Popis výsledku anglicky
Fast development of microarray techniques in recent years has allowed us to perform genotyping of large number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) as a part of GWAS (genome-wide association studies). In our study we have observing SNPs associated with a risk of developing schizophrenia. We have designed DNA microarray analyzing 96 SNPs using GoldenGate method on BeadExpress reader (Illumina). In the selection we have followed the results of recent GWAS (Genome Wide Association Studies) and those from our previous studies. The whole analysis comprised 405 men samples from patients and healthy controls. The avarage call rate in our samples was 98%, while in further statistic analysis we have used only those samples with call rate above 90%. After analysis using Fisher two-tailed test a Bonferroni corrections we have found six polymorphisms (rs6595788, rs28705343, rs3737967, rs77692880, rs9960767 a rs6104567) significantly associated with a risk of developing schizophrenia (p < 0
Klasifikace
Druh
O - Ostatní výsledky
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GP309%2F09%2FP361" target="_blank" >GP309/09/P361: Vztah interakce polymorfismů kandidátních genů k patogenezi schizofrenie</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů