Predicting pKa values from EEM atomic charges
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F13%3A00068473" target="_blank" >RIV/00216224:14310/13:00068473 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://www.jcheminf.com/content/5/1/18" target="_blank" >http://www.jcheminf.com/content/5/1/18</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-5-18" target="_blank" >10.1186/1758-2946-5-18</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Predicting pKa values from EEM atomic charges
Popis výsledku v původním jazyce
The acid dissociation constant pKa is a very important molecular property, and there is a strong interest in the development of reliable and fast methods for pKa prediction. We have evaluated the pKa prediction capabilities of QSPR models based on empirical atomic charges calculated by the Electronegativity Equalization Method (EEM). Specifically, we collected 18 EEM parameter sets created for 8 different quantum mechanical (QM) charge calculation schemes. Afterwards, we prepared a training set of 74 substituted phenols. Additionally, for each molecule we generated its dissociated form by removing the phenolic hydrogen. For all the molecules in the training set, we then calculated EEM charges using the 18 parameter sets, and the QM charges using the 8above mentioned charge calculation schemes.
Název v anglickém jazyce
Predicting pKa values from EEM atomic charges
Popis výsledku anglicky
The acid dissociation constant pKa is a very important molecular property, and there is a strong interest in the development of reliable and fast methods for pKa prediction. We have evaluated the pKa prediction capabilities of QSPR models based on empirical atomic charges calculated by the Electronegativity Equalization Method (EEM). Specifically, we collected 18 EEM parameter sets created for 8 different quantum mechanical (QM) charge calculation schemes. Afterwards, we prepared a training set of 74 substituted phenols. Additionally, for each molecule we generated its dissociated form by removing the phenolic hydrogen. For all the molecules in the training set, we then calculated EEM charges using the 18 parameter sets, and the QM charges using the 8above mentioned charge calculation schemes.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Cheminformatics
ISSN
1758-2946
e-ISSN
—
Svazek periodika
5
Číslo periodika v rámci svazku
18
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
15
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000319440100001
EID výsledku v databázi Scopus
—