Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense; Fabaceae)
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F14%3A00073251" target="_blank" >RIV/00216224:14310/14:00073251 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.3732/ajb.1300340" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.3732/ajb.1300340</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.3732/ajb.1300340" target="_blank" >10.3732/ajb.1300340</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense; Fabaceae)
Popis výsledku v původním jazyce
Red clover (Trifolium pratense ) is an important forage plant from the legume family with great importace in agronomy and livestock nourishment. Nevertheless, assembling its medium-sized genome presents a challenge, given current hardware and software possibilities. Next-generation sequencing technologies enable us to generate large amounts of sequence data at low cost. In this study, the genome assembly and red clover genome features are presented. First, assembly software was assessed using data setsfrom a closely related species to find the best possible combination of assembler plus error correction program to assemble the red clover genome. The newly sequenced genome was characterized by repetitive content, number of protein-coding and nonprotein-coding genes, and gene families and functions. Genome features were also compared with those of other sequenced plant species. Abyss with Echo correction was used for de novo assembly of the red clover genome. The presented assembly comp
Název v anglickém jazyce
Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense; Fabaceae)
Popis výsledku anglicky
Red clover (Trifolium pratense ) is an important forage plant from the legume family with great importace in agronomy and livestock nourishment. Nevertheless, assembling its medium-sized genome presents a challenge, given current hardware and software possibilities. Next-generation sequencing technologies enable us to generate large amounts of sequence data at low cost. In this study, the genome assembly and red clover genome features are presented. First, assembly software was assessed using data setsfrom a closely related species to find the best possible combination of assembler plus error correction program to assemble the red clover genome. The newly sequenced genome was characterized by repetitive content, number of protein-coding and nonprotein-coding genes, and gene families and functions. Genome features were also compared with those of other sequenced plant species. Abyss with Echo correction was used for de novo assembly of the red clover genome. The presented assembly comp
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
American Journal of Botany
ISSN
0002-9122
e-ISSN
—
Svazek periodika
101
Číslo periodika v rámci svazku
2
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
327-337
Kód UT WoS článku
000340451700010
EID výsledku v databázi Scopus
—