Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F14%3A00073262" target="_blank" >RIV/00216224:14310/14:00073262 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele
Popis výsledku v původním jazyce
Jetel luční (T. pratense L.) je jednou z nejvýznamnějších pícnin v České republice. Genomy jetelů jsou kvůli cizosprašnosti a silné gametofytické inkompatibilitě vysoce variabilní a polymorfní. Pro sekvenaci pomocí platformy Illumina byla vybrána diploidní odrůda jetele lučního Start (2n = 14, 418 Mbp). Ve výsledných poskládaných kontizích byly pomocí programu SSRLocator vyhledány mikrosatelitní lokusy, z kterých bylo odvozeno celkem 69 714 SSR markerů. Pro validaci na 39 českých odrůdách jetele lučníhobyl vybrán soubor celkem 99 SSR markerů. 16 vysoce polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení vnitrodruhové diverzity a identifikaci 26 českých odrůd jetele lučního. 8 vybraných polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení variability hybridní odrůdy Pramedi pomocí koeficientu PIC (polymorphic information content).
Název v anglickém jazyce
Utilization of diversity in SSR loci from next-generation sequencing in Trifolium
Popis výsledku anglicky
Red clover (T. pratense L.) is one of the most important forage crops in the Czech Republic. Clover genomes are highly variable and polymorphic because of their alogamy and strong gametophytic self-incompatibility. A diploid variety Start (T. pratense, 2n = 14, 418 Mbp) was selected for whole-genome sequencing by Illumina. Assemblied contigs were searched by SSRLocator for microsatelite loci, which were used for design of 69 714 SSR markers. Validation of selected 99 SSR markers was conducted on a set of 39 czech red clover varieties. 16 highly polymorphic markers were used to asses intraspecific diversity and identification of 26 czech varieties. 8 selected polymorphic markers were used to estimate variability of hybrid varienty Pramedi using a PIC (Polymorphic Information Content) value.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
XVI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů
ISBN
9788021073401
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
2
Strana od-do
58
Název nakladatele
Masarykova univerzita
Místo vydání
Brno
Místo konání akce
Konferenční centrum hotelu Continental
Datum konání akce
11. 11. 2014
Typ akce podle státní příslušnosti
EUR - Evropská akce
Kód UT WoS článku
—