Enhanced conformational sampling of carbohydrates by Hamiltonian replica-exchange simulation

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F14%3A00073439" target="_blank" >RIV/00216224:14310/14:00073439 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://glycob.oxfordjournals.org/content/24/1/70" target="_blank" >http://glycob.oxfordjournals.org/content/24/1/70</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/glycob/cwt093" target="_blank" >10.1093/glycob/cwt093</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Enhanced conformational sampling of carbohydrates by Hamiltonian replica-exchange simulation

Popis výsledku v původním jazyce

Knowledge of the structure and conformational flexibility of carbohydrates in an aqueous solvent is important to improving our understanding of how carbohydrates function in biological systems. In this study, we extend a variant of the Hamiltonian replica-exchange molecular dynamics (MD) simulation to improve the conformational sampling of saccharides in an explicit solvent. During the simulations, a biasing potential along the glycosidic-dihedral linkage between the saccharide monomer units in an oligomer is applied at various levels along the replica runs to enable effective transitions between various conformations. One reference replica runs under the control of the original force field. The method was tested on disaccharide structures and furthervalidated on biologically relevant blood group B, Lewis X and Lewis A trisaccharides.

Název v anglickém jazyce

Enhanced conformational sampling of carbohydrates by Hamiltonian replica-exchange simulation

Popis výsledku anglicky

Knowledge of the structure and conformational flexibility of carbohydrates in an aqueous solvent is important to improving our understanding of how carbohydrates function in biological systems. In this study, we extend a variant of the Hamiltonian replica-exchange molecular dynamics (MD) simulation to improve the conformational sampling of saccharides in an explicit solvent. During the simulations, a biasing potential along the glycosidic-dihedral linkage between the saccharide monomer units in an oligomer is applied at various levels along the replica runs to enable effective transitions between various conformations. One reference replica runs under the control of the original force field. The method was tested on disaccharide structures and furthervalidated on biologically relevant blood group B, Lewis X and Lewis A trisaccharides.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CE - Biochemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Glycobiology

ISSN

0959-6658

e-ISSN

—

Svazek periodika

24

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

15

Strana od-do

70-84

Kód UT WoS článku

000330838800008

EID výsledku v databázi Scopus

—