Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Sanger sequencing of mitochondrial hypervariable region of ancient samples for DNA authentication and screening before high-throughput sequencing

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F21%3A00122724" target="_blank" >RIV/00216224:14310/21:00122724 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://doi.org/10.1016/j.jasrep.2021.103216" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.jasrep.2021.103216</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.jasrep.2021.103216" target="_blank" >10.1016/j.jasrep.2021.103216</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Sanger sequencing of mitochondrial hypervariable region of ancient samples for DNA authentication and screening before high-throughput sequencing

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Working with ancient DNA is challenging and requires an authentication step. We analyzed eleven badly preserved samples from the Nitra culture with the influence of Únětice culture dated to the 4000 BP Bronze Age. We present estimated mitochondrial haplogroups of four samples based on Sanger sequencing of HVR1 and a part of HVR2. Sanger sequencing has strong limitations in haplogroup prediction, especially when working with ancient DNA. However, Sanger sequencing in this study is featured as a control step to provide us with quality results of mitochondrial DNA and as a screening of present haplogroups. DNA quality estimation is further supported by sample concentration and fragment analysis. The presence of mitochondrial DNA is confirmed by PCR. However, the Sanger sequencing of mitochondrial DNA can confirm its presence in good quality for further sequencing. Therefore, only suitable samples were selected for further high-throughput sequencing of the whole mitogenome.

  • Název v anglickém jazyce

    Sanger sequencing of mitochondrial hypervariable region of ancient samples for DNA authentication and screening before high-throughput sequencing

  • Popis výsledku anglicky

    Working with ancient DNA is challenging and requires an authentication step. We analyzed eleven badly preserved samples from the Nitra culture with the influence of Únětice culture dated to the 4000 BP Bronze Age. We present estimated mitochondrial haplogroups of four samples based on Sanger sequencing of HVR1 and a part of HVR2. Sanger sequencing has strong limitations in haplogroup prediction, especially when working with ancient DNA. However, Sanger sequencing in this study is featured as a control step to provide us with quality results of mitochondrial DNA and as a screening of present haplogroups. DNA quality estimation is further supported by sample concentration and fragment analysis. The presence of mitochondrial DNA is confirmed by PCR. However, the Sanger sequencing of mitochondrial DNA can confirm its presence in good quality for further sequencing. Therefore, only suitable samples were selected for further high-throughput sequencing of the whole mitogenome.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    S - Specificky vyzkum na vysokych skolach<br>I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2021

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Archaeological Science: Reports

  • ISSN

    2352-409X

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    40

  • Číslo periodika v rámci svazku

    December

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    5

  • Strana od-do

    1-5

  • Kód UT WoS článku

    000714601300002

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85118339329