Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F24%3A00139870" target="_blank" >RIV/00216224:14310/24:00139870 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů

Popis výsledku v původním jazyce

Abychom zefektivnili hledání proteinových sekvencí s požadovanými vlastnostmi, využíváme informace z proteinových rodin prostřednictvím vícenásobného zarovnání sekvencí k identifikaci konzervovaných oblastí a oblastí variability aminokyselin. Nově zavádíme variační autoenkodéry, které mohou zachytit plnou variabilitu sekvencí v zarovnáních vícenásobných sekvencí pomocí nelineárního modelování strojového učení. Vyvinuli jsme nástroj, který se učí reprezentaci proteinů a může vědcům pomoci při tvorbě vylepšených proteinových mutantů i při fylogenetické rekonstrukci proteinů. Případová studie je k dispozici zde: https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-jcds7-v2

Název v anglickém jazyce

Variational Autoencoder-based tool for design of ancestral proteins

Popis výsledku anglicky

To streamline the search for protein sequences with desired properties, we leverage information from protein families through multiple sequence alignments to identify conserved regions and amino acid variability. We show variational autoencoders which can capture the full variation of sequences in multiple sequence alignments by using nonlinear machine learning modeling. We have developed a tool that learns protein representations and can guide researchers in producing improved protein mutants as well as in phylogenetic reconstruction. The use case study is available at https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-jcds7-v2

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/TN02000109" target="_blank" >TN02000109: Personalizovaná medicína: Translačním výzkumem k biomedicínským aplikacím</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

5_SW_MU_2024

Technické parametry

Doposud je využíváno interně k výzkumným účelům.

Ekonomické parametry

V budoucnu je plánována nabídka potencionálním partnerům.

IČO vlastníka výsledku

00216224

Název vlastníka

Masarykova univerzita