Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F12%3A00057781" target="_blank" >RIV/00216224:14330/12:00057781 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-33636-2_13" target="_blank" >http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-33636-2_13</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-33636-2_13" target="_blank" >10.1007/978-3-642-33636-2_13</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks

Popis výsledku v původním jazyce

We propose a new methodology for identification and analysis of discrete gene networks as defined by René Thomas, supported by a tool chain: (i) given a Thomas network with partially known kinetic parameters, we reduce the number of acceptable parametrizations to those that fit time-series measurements and reflect other known constraints by an improved technique of coloured LTL model checking performing efficiently on Thomas networks in distributed environment; (ii) we introduce classification of acceptable parametrizations to identify most optimal ones; (iii) we propose two ways of visualising parametrizations dynamics wrt time-series data. Finally, computational efficiency is evaluated and the methodology is validated on bacteriophage lambda case study.

Název v anglickém jazyce

Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks

Popis výsledku anglicky

We propose a new methodology for identification and analysis of discrete gene networks as defined by René Thomas, supported by a tool chain: (i) given a Thomas network with partially known kinetic parameters, we reduce the number of acceptable parametrizations to those that fit time-series measurements and reflect other known constraints by an improved technique of coloured LTL model checking performing efficiently on Thomas networks in distributed environment; (ii) we introduce classification of acceptable parametrizations to identify most optimal ones; (iii) we propose two ways of visualising parametrizations dynamics wrt time-series data. Finally, computational efficiency is evaluated and the methodology is validated on bacteriophage lambda case study.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GAP202%2F11%2F0312" target="_blank" >GAP202/11/0312: Vývoj a verifikace softwarových komponent v zapouzdřených systémech</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Computational Methods in Systems Biology: 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Proceedings

ISBN

9783642336355

ISSN

0302-9743

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

20

Strana od-do

207-226

Název nakladatele

Springer

Místo vydání

Berlin

Místo konání akce

London

Datum konání akce

1. 1. 2012

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—