Parsybone: Parameter Synthesizer for Boolean Networks

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F12%3A00058665" target="_blank" >RIV/00216224:14330/12:00058665 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://sybila.fi.muni.cz/tools/parsybone" target="_blank" >http://sybila.fi.muni.cz/tools/parsybone</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Parsybone: Parameter Synthesizer for Boolean Networks

Popis výsledku v původním jazyce

Parsybone is a command-line tool for synthesis of discrete kinetic parameters in gene regulatory networks and for their further analysis. Regulatory networks are provided using a so-called Thomas formalism and analyzed using a method of colored LTL modelchecking. The model checking procedure is based on the behavioral constraints provided in the form of Büchi automata. Features of this tool include: reduction of parameter space by static and dynamic behaviour constraints, analysis w.r.t. time series measurements and further ranking of acceptable parametrizations, computation of behavioural maps, possible execution in distributed environment, usage of colored LTL model checking. This software transfers original research results into practise. Its maincontribution to the field of bioinformatics is providing of a sophisticated support for discrete analysis of models of gene regulatory networks which has not been available before.

Název v anglickém jazyce

Parsybone: Parameter Synthesizer for Boolean Networks

Popis výsledku anglicky

Parsybone is a command-line tool for synthesis of discrete kinetic parameters in gene regulatory networks and for their further analysis. Regulatory networks are provided using a so-called Thomas formalism and analyzed using a method of colored LTL modelchecking. The model checking procedure is based on the behavioral constraints provided in the form of Büchi automata. Features of this tool include: reduction of parameter space by static and dynamic behaviour constraints, analysis w.r.t. time series measurements and further ranking of acceptable parametrizations, computation of behavioural maps, possible execution in distributed environment, usage of colored LTL model checking. This software transfers original research results into practise. Its maincontribution to the field of bioinformatics is providing of a sophisticated support for discrete analysis of models of gene regulatory networks which has not been available before.

Druh

R - Software

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GAP202%2F11%2F0312" target="_blank" >GAP202/11/0312: Vývoj a verifikace softwarových komponent v zapouzdřených systémech</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2012

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

Parsybone Release v1.000

Technické parametry

Software implementuje unikátní metodu ověřování temporálních vlastností na parametrizovaných modelech prostřednictvím heuristiky vyvinuté laboratoří Sybila (coloured model checking). Metoda je využita k enumerativnímu řešení problému nalezení parametrů vyhovujících zadaným podmínkám (omezení dynamiky dané např. experimentálním měřením genové exprese in vitro). Software tak obohacuje klíčovou oblast bioinformatiky (rekontrukce sítí genových regulací) o výkonný nástroj využivající špičkových technologií formální verifikace. Metoda je adaptována pro boolovské modely genové exprese a umožňuje zpracování sítí o několika desítkách genů. To je umožněno efektivní paralelní implementací algoritmu v distribuovaném prostředí. Implementace v C++. Licence: GNU GPL.Odpovědná osoba: RNDr. David Šafránek, Ph.D.; email: safranek@fi.muni.cz; telefon: 549494476; adresa: David Šafránek, Fakulta informatiky Masarykovy univerzity, Botanická 68a, 602 00 Brno.

Ekonomické parametry

Významným ekonomickým přínosem tohoto software pro biologické laboratoře zabývající se zpracováním microarray dat a inferencí prediktivních modelů je významné ušetření času nezbytného pro manuální zpracování enormního množství predikovaných dat. Automatizací zpracování a zavedením klasifikačních metrik je usnadněno a významně urychleno nalezení modelů, které odpovídají experimentálně naměřeným výsledkům. SW je dle zvyklostí vysoce dynamického oboru bioinformatiky šířen zdarma, jeho využití je předpokládáno převážně v akademickém prostředí biologických laboratoří.

IČO vlastníka výsledku

00216224

Název vlastníka

Masarykova univerzita