Deconvolution of huge 3-D images: Parallelization strategies on a multi-GPU system
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F13%3A00066399" target="_blank" >RIV/00216224:14330/13:00066399 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-03859-9_24" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-03859-9_24</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-03859-9_24" target="_blank" >10.1007/978-3-319-03859-9_24</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Deconvolution of huge 3-D images: Parallelization strategies on a multi-GPU system
Popis výsledku v původním jazyce
In this paper, we discuss strategies to parallelize selected deconvolution methods on a multi-GPU system. We provide a comparison of several approaches to split the deconvolution into subtasks while keeping the amount of costly data transfers as low as possible, and propose own implementation of three deconvolution methods which achieves up to 65x speedup over the CPU one. In the experimental part, we analyse how the individual stages of the computation contribute to the overall computation time as wellas how the multi-GPU implementation scales in various setups. Finally, we identify bottlenecks of the system.
Název v anglickém jazyce
Deconvolution of huge 3-D images: Parallelization strategies on a multi-GPU system
Popis výsledku anglicky
In this paper, we discuss strategies to parallelize selected deconvolution methods on a multi-GPU system. We provide a comparison of several approaches to split the deconvolution into subtasks while keeping the amount of costly data transfers as low as possible, and propose own implementation of three deconvolution methods which achieves up to 65x speedup over the CPU one. In the experimental part, we analyse how the individual stages of the computation contribute to the overall computation time as wellas how the multi-GPU implementation scales in various setups. Finally, we identify bottlenecks of the system.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
IN - Informatika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GBP302%2F12%2FG157" target="_blank" >GBP302/12/G157: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Algorithms and Architectures for Parallel Processing
ISBN
9783319038582
ISSN
0302-9743
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
279-290
Název nakladatele
Springer International Publishing
Místo vydání
Neuveden
Místo konání akce
Vietri sul Mare, Italy
Datum konání akce
1. 1. 2013
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
—