R/Bioconductor package for identification of triplex-forming sequences

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F13%3A00068053" target="_blank" >RIV/00216224:14330/13:00068053 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216305:26230/13:PR27155

Výsledek na webu

<a href="http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/triplex.html" target="_blank" >http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/triplex.html</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

R/Bioconductor package for identification of triplex-forming sequences

Popis výsledku v původním jazyce

This package provides functions for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequence. The main functionality is to detect the positions of subsequences capable of folding into an intramolecular triplex (H-DNA)in a much larger sequence. The potential H-DNA (triplexes) should be made of as many cannonical nucleotide triplets as possible. The package includes visualization showing the exact base-pairing in 1D, 2D or 3D.

Název v anglickém jazyce

R/Bioconductor package for identification of triplex-forming sequences

Popis výsledku anglicky

This package provides functions for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequence. The main functionality is to detect the positions of subsequences capable of folding into an intramolecular triplex (H-DNA)in a much larger sequence. The potential H-DNA (triplexes) should be made of as many cannonical nucleotide triplets as possible. The package includes visualization showing the exact base-pairing in 1D, 2D or 3D.

Druh

R - Software

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

triplex R/Bioconductor package

Technické parametry

Triplex is an R wrapper to previously published software with new search, and visualization functions. Detailed documentation is part of the package, additional information is being published as an application note in Bioinformatics.

Ekonomické parametry

Free software for research in genome annotation, economical parameters cannot be reliably estimated.

IČO vlastníka výsledku

00216305

Název vlastníka

Vysoké učení technické Brno