Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F13%3A00068371" target="_blank" >RIV/00216224:14330/13:00068371 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216305:26230/13:PU106424

Výsledek na webu

<a href="http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/15/1900.abstract.html" target="_blank" >http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/15/1900.abstract.html</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt299" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btt299</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences

Popis výsledku v původním jazyce

Upgrade and integration of triplex software into the R/Bioconductor framework. We combined a previously published implementation of a triplex DNA search algorithm with visualization to create a versatile R/Bioconductor package triplex. The new package provides functions that can be used to search Bioconductor genomes and other DNA sequence data for occurrence of nucleotide patterns capable of forming intramolecular triplexes (H-DNA). Functions producing 2-D and 3-D diagrams of the identified triplexes allow instant visualization of the search results. Leveraging the power of Biostrings and GRanges classes, the results get fully integrated into the existing Bioconductor framework, allowing their passage to other Genome visualization and annotation packages, such as GenomeGraphs, rtracklayer or Gviz. R package triplex is available from Bioconductor (bioconductor.org).

Název v anglickém jazyce

Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences

Popis výsledku anglicky

Upgrade and integration of triplex software into the R/Bioconductor framework. We combined a previously published implementation of a triplex DNA search algorithm with visualization to create a versatile R/Bioconductor package triplex. The new package provides functions that can be used to search Bioconductor genomes and other DNA sequence data for occurrence of nucleotide patterns capable of forming intramolecular triplexes (H-DNA). Functions producing 2-D and 3-D diagrams of the identified triplexes allow instant visualization of the search results. Leveraging the power of Biostrings and GRanges classes, the results get fully integrated into the existing Bioconductor framework, allowing their passage to other Genome visualization and annotation packages, such as GenomeGraphs, rtracklayer or Gviz. R package triplex is available from Bioconductor (bioconductor.org).

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Bioinformatics

ISSN

1367-4803

e-ISSN

—

Svazek periodika

29

Číslo periodika v rámci svazku

15

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

2

Strana od-do

1900-1901

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—