Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216305%3A26230%2F13%3APU106432" target="_blank" >RIV/00216305:26230/13:PU106432 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor

  • Popis výsledku v původním jazyce

    p53 is a well-known transcription factor and tumor suppressor, regulating among other processes, the commitment of cells to apoptosis and DNA repair. p53 mutants are often found in cancers of different kinds, either as mutant or misregulated p53. p53 is involved in many other processes and we currently do not understand the full range of its functions. It is known to recognize the p53con sequence by its specific DNA-binding domain (DBD). It is also known to bind DNA non-specifically. This binding has been shown to involve superhelical DNA, more specifically, cruciform, triplex and quadruplex structures. In our laboratories we were intrigued by the possible interplay between non-canonical DNA structure binding and regular p53con binding. In an attempt to clarify this interplay and discover suitable candidate genes for further study, we carried out an in silico study on the human genome. We identified all the occurences of potential cruciform DNA, triplex DNA, quadruplex DNA and p53con recognition sequences in +/-40000 bp regions of known genes. We analyzed this data for statistically significant patterns and combinations of patterns using a small set of available R/Bioconductor packages. This paper describes the computational pipeline designed for this type of studies. We also show preliminary results for selected human sequences.

  • Název v anglickém jazyce

    In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor

  • Popis výsledku anglicky

    p53 is a well-known transcription factor and tumor suppressor, regulating among other processes, the commitment of cells to apoptosis and DNA repair. p53 mutants are often found in cancers of different kinds, either as mutant or misregulated p53. p53 is involved in many other processes and we currently do not understand the full range of its functions. It is known to recognize the p53con sequence by its specific DNA-binding domain (DBD). It is also known to bind DNA non-specifically. This binding has been shown to involve superhelical DNA, more specifically, cruciform, triplex and quadruplex structures. In our laboratories we were intrigued by the possible interplay between non-canonical DNA structure binding and regular p53con binding. In an attempt to clarify this interplay and discover suitable candidate genes for further study, we carried out an in silico study on the human genome. We identified all the occurences of potential cruciform DNA, triplex DNA, quadruplex DNA and p53con recognition sequences in +/-40000 bp regions of known genes. We analyzed this data for statistically significant patterns and combinations of patterns using a small set of available R/Bioconductor packages. This paper describes the computational pipeline designed for this type of studies. We also show preliminary results for selected human sequences.

Klasifikace

  • Druh

    D - Stať ve sborníku

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/ED1.1.00%2F02.0070" target="_blank" >ED1.1.00/02.0070: Centrum excelence IT4Innovations</a><br>

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2013

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název statě ve sborníku

    ITAT 2013: Information Technologies - Applications and Theory

  • ISBN

    978-1-4909-5208-6

  • ISSN

  • e-ISSN

  • Počet stran výsledku

    5

  • Strana od-do

    42-46

  • Název nakladatele

    CreativeSpace Independent Publishing Platform

  • Místo vydání

    Donovaly

  • Místo konání akce

    Hotel Zornička, Donovaly

  • Datum konání akce

    11. 9. 2013

  • Typ akce podle státní příslušnosti

    EUR - Evropská akce

  • Kód UT WoS článku