Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome. In silico study using the R/Bioconductor package triplex.
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F14%3A00074890" target="_blank" >RIV/00216224:14330/14:00074890 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216305:26230/14:PU111943
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.5220/0004824100800088" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.5220/0004824100800088</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.5220/0004824100800088" target="_blank" >10.5220/0004824100800088</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome. In silico study using the R/Bioconductor package triplex.
Popis výsledku v původním jazyce
Eukaryotic genomes are rich in sequences capable of forming non-B DNA structures. These structures are expected to play important roles in natural regulatory processes at levels above those of individual genes, such as whole genome dynamics or chromatinorganization, as well as in processes leading to the loss of these functions, such as cancer development. Recently, a number of authors have mapped the occurrence of potential quadruplex sequences in the human genome and found them to be associated withpromoters. In this paper, we set out to map the distribution and characteristics of potential triplex-forming sequences in human genome DNA sequences. Using the R/Bioconductor package {it triplex}, we found these sequences to be excluded from exons, while present mostly in a small number of repetitive sequence classes, especially short sequence tandem repeats (microsatellites), Alu and combined elements, such as SVA.
Název v anglickém jazyce
Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome. In silico study using the R/Bioconductor package triplex.
Popis výsledku anglicky
Eukaryotic genomes are rich in sequences capable of forming non-B DNA structures. These structures are expected to play important roles in natural regulatory processes at levels above those of individual genes, such as whole genome dynamics or chromatinorganization, as well as in processes leading to the loss of these functions, such as cancer development. Recently, a number of authors have mapped the occurrence of potential quadruplex sequences in the human genome and found them to be associated withpromoters. In this paper, we set out to map the distribution and characteristics of potential triplex-forming sequences in human genome DNA sequences. Using the R/Bioconductor package {it triplex}, we found these sequences to be excluded from exons, while present mostly in a small number of repetitive sequence classes, especially short sequence tandem repeats (microsatellites), Alu and combined elements, such as SVA.
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
IN - Informatika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2014
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
ISBN
9789897580123
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
80-88
Název nakladatele
SciTePress
Místo vydání
Angers, France
Místo konání akce
Angers, FR
Datum konání akce
3. 3. 2014
Typ akce podle státní příslušnosti
WRD - Celosvětová akce
Kód UT WoS článku
—