Geometry-based Algorithm for Detection of Asymmetric Tunnels in Protein Molecules

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F13%3A00069322" target="_blank" >RIV/00216224:14330/13:00069322 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Geometry-based Algorithm for Detection of Asymmetric Tunnels in Protein Molecules

Popis výsledku v původním jazyce

We present a novel geometry-based method for computing asymmetric tunnels and voids in proteins, approximating their real shape with selected precision. Our method combines ideas from Voronoi and grid based approaches for protein analysis. We represent tunnels in protein using voxel data grid which allows us to store their shape more accurately. Our algorithm employs a tunnel skeleton computed using Voronoi diagram. The skeleton allows us to perform grid computation in a bounded space, with lower time and memory demands, and easily identify and measure individual tunnels.

Název v anglickém jazyce

Geometry-based Algorithm for Detection of Asymmetric Tunnels in Protein Molecules

Popis výsledku anglicky

We present a novel geometry-based method for computing asymmetric tunnels and voids in proteins, approximating their real shape with selected precision. Our method combines ideas from Voronoi and grid based approaches for protein analysis. We represent tunnels in protein using voxel data grid which allows us to store their shape more accurately. Our algorithm employs a tunnel skeleton computed using Voronoi diagram. The skeleton allows us to perform grid computation in a bounded space, with lower time and memory demands, and easily identify and measure individual tunnels.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LG13010" target="_blank" >LG13010: Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2013

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

TPCG 2013

ISBN

9783905673982

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

17-24

Název nakladatele

Eurographics Association

Místo vydání

Germany

Místo konání akce

Bath, Great Britain

Datum konání akce

5. 9. 2013

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—