Quantification of the 3D Collagen Network Geometry in Confocal Reflection Microscopy

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14330%2F15%3A00080822" target="_blank" >RIV/00216224:14330/15:00080822 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2015.7351109" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2015.7351109</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2015.7351109" target="_blank" >10.1109/ICIP.2015.7351109</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Quantification of the 3D Collagen Network Geometry in Confocal Reflection Microscopy

Popis výsledku v původním jazyce

The geometry of 3D collagen networks is a key factor that influences the behavior of live cells within extracellular matrices. This paper presents a hybrid, two-step method for fully automatic quantification of the 3D collagen network geometry at fiber resolution in confocal reflection microscopy images. First, a coarse binary mask of the entire network is obtained using steerable filtering and local Otsu thresholding. Second, individual collagen fibers are reconstructed by~tracing maximum ridges in theEuclidean distance map of the binary mask. The proposed method, validated in a novel framework using 3D collagen gels with various collagen and Matrigel concentrations, reveal that Matrigel affects the collagen network geometry by decreasing the networkpore size while preserving the fiber length and fiber persistence length.

Název v anglickém jazyce

Quantification of the 3D Collagen Network Geometry in Confocal Reflection Microscopy

Popis výsledku anglicky

The geometry of 3D collagen networks is a key factor that influences the behavior of live cells within extracellular matrices. This paper presents a hybrid, two-step method for fully automatic quantification of the 3D collagen network geometry at fiber resolution in confocal reflection microscopy images. First, a coarse binary mask of the entire network is obtained using steerable filtering and local Otsu thresholding. Second, individual collagen fibers are reconstructed by~tracing maximum ridges in theEuclidean distance map of the binary mask. The proposed method, validated in a novel framework using 3D collagen gels with various collagen and Matrigel concentrations, reveal that Matrigel affects the collagen network geometry by decreasing the networkpore size while preserving the fiber length and fiber persistence length.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

IN - Informatika

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2015

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

22nd IEEE International Conference on Image Processing

ISBN

9781479983391

ISSN

1522-4880

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

1791-1794

Název nakladatele

IEEE

Místo vydání

Québec City

Místo konání akce

Québec City

Datum konání akce

27. 9. 2015

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

—