Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14610%2F17%3A00094853" target="_blank" >RIV/00216224:14610/17:00094853 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/60461373:22330/17:43913706

  • Výsledek na webu

    <a href="http://aip.scitation.org/doi/abs/10.1063/1.4978296" target="_blank" >http://aip.scitation.org/doi/abs/10.1063/1.4978296</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1063/1.4978296" target="_blank" >10.1063/1.4978296</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Metadynamics is an important collective-coordinate-based enhanced sampling simulation method. Its performance depends significantly on the capability of collective coordinates to describe the studied molecular processes. Collective coordinates based on comparison with reference landmark structures can be used to enhance sampling in highly complex systems; however, they may slow down simulations due to high number of structure-structure distance (e.g., mean-square deviation) calculations. Here we introduce an approximation of root-mean-square or mean-square deviation that significantly reduces numbers of computationally expensive operations. We evaluate its accuracy and theoretical performance gain with metadynamics simulations on two molecular systems. Published by AIP Publishing.

  • Název v anglickém jazyce

    Reducing the number of mean-square deviation calculations with floating close structure in metadynamics

  • Popis výsledku anglicky

    Metadynamics is an important collective-coordinate-based enhanced sampling simulation method. Its performance depends significantly on the capability of collective coordinates to describe the studied molecular processes. Collective coordinates based on comparison with reference landmark structures can be used to enhance sampling in highly complex systems; however, they may slow down simulations due to high number of structure-structure distance (e.g., mean-square deviation) calculations. Here we introduce an approximation of root-mean-square or mean-square deviation that significantly reduces numbers of computationally expensive operations. We evaluate its accuracy and theoretical performance gain with metadynamics simulations on two molecular systems. Published by AIP Publishing.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2017

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Chemical Physics

  • ISSN

    0021-9606

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    146

  • Číslo periodika v rámci svazku

    11

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    8

  • Strana od-do

    „115101:1“-„115101:8“

  • Kód UT WoS článku

    000397313600032

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85015630113