In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1 dependent transcription termination
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F12%3A00057509" target="_blank" >RIV/00216224:14740/12:00057509 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://www.nature.com/emboj/journal/v31/n19/abs/emboj2012237a.html" target="_blank" >http://www.nature.com/emboj/journal/v31/n19/abs/emboj2012237a.html</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1038/emboj.2012.237" target="_blank" >10.1038/emboj.2012.237</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1 dependent transcription termination
Popis výsledku v původním jazyce
The Nrd1-Nab3-Sen1 (NNS) complex pathway is responsible for transcription termination of cryptic unstable transcripts and sn/snoRNAs. The NNS complex recognizes short motifs on the nascent RNA, but the presence of these sequences alone is not sufficientto define a functional terminator. We generated a homogeneous set of several hundreds of artificial, NNS-dependent terminators with an in vivo selection approach. Analysis of these terminators revealed novel and extended sequence determinants for transcription termination and NNS complex binding as well as supermotifs that are critical for termination. Biochemical and structural data revealed that affinity and specificity of RNA recognition by Nab3p relies on induced fit recognition implicating an a-helical extension of the RNA recognition motif.
Název v anglickém jazyce
In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1 dependent transcription termination
Popis výsledku anglicky
The Nrd1-Nab3-Sen1 (NNS) complex pathway is responsible for transcription termination of cryptic unstable transcripts and sn/snoRNAs. The NNS complex recognizes short motifs on the nascent RNA, but the presence of these sequences alone is not sufficientto define a functional terminator. We generated a homogeneous set of several hundreds of artificial, NNS-dependent terminators with an in vivo selection approach. Analysis of these terminators revealed novel and extended sequence determinants for transcription termination and NNS complex binding as well as supermotifs that are critical for termination. Biochemical and structural data revealed that affinity and specificity of RNA recognition by Nab3p relies on induced fit recognition implicating an a-helical extension of the RNA recognition motif.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2012
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
EMBO Journal
ISSN
0261-4189
e-ISSN
—
Svazek periodika
31
Číslo periodika v rámci svazku
19
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
14
Strana od-do
3935-3948
Kód UT WoS článku
000309656600015
EID výsledku v databázi Scopus
—